未满16岁肇事者被起诉，是否会留下案底需分情况讨论：
构成犯罪且被判刑的情况：
- 根据《中华人民共和国刑法》第十七条，已满十四周岁不满十六周岁的人，仅对特定严重犯罪（如故意杀人、故意伤害致人重伤或者死亡、强奸、抢劫、贩卖毒品、放火、爆炸、投放危险物质罪等）负刑事责任。若未满16岁的肇事者实施了上述犯罪行为，并被法院判处五年有期徒刑以下刑罚，那么其犯罪记录会依法被封存。
- 依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百八十六条，犯罪记录被封存后，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。这意味着，虽然存在犯罪记录，但在符合法律规定的条件下，该记录不会对未成年人的未来产生广泛的影响。
构成犯罪但未判刑的情况：
- 如果未满16岁的肇事者虽然实施了犯罪行为，但经检察院不起诉或法院免予刑事处罚，由于未实际执行刑罚，因此不会形成传统意义上的“案底”。不过，这种情况下的违法记录可能会在公安机关内部有一定留存，但这些记录通常不会对未成年人今后的生活产生像刑事案底那样严重的影响。
不构成犯罪的情况：
- 如果未满16岁的肇事者实施的行为不构成犯罪（例如，因未达到刑事责任年龄而未追究刑事责任），则既不会留案底，也不会进入犯罪记录系统。这种情况下，未成年人的未来不会受到犯罪记录的影响。
法律建议与应对策略：
- 监护人责任：作为未成年人的监护人，应加强对孩子的教育和监管，引导他们树立正确的价值观和法律意识，避免他们实施违法行为。
- 未成年人自我认知：如果未成年人已经实施了违法行为，应深刻认识到自己的错误，积极接受教育和改造，争取早日回归社会。
- 社会支持：学校和社会应给予未成年人更多的关爱和保护，为他们提供更多的就业机会和发展空间，帮助他们重新融入社会。
- 司法机关保密义务：在查询未成年人犯罪记录时，司法机关和有关单位必须严格遵守法律规定，确保查询的合法性和保密性，避免信息泄露对未成年人造成不必要的伤害。
特殊情形说明：
- 在某些特殊情况下，如报考特定职业（公务员、军人、警察等）或涉及公共利益和安全的领域（金融、教育、医疗等）时，即使未成年人的犯罪记录被封存，仍可能会被查询到并产生一定影响。因此，未成年人和其监护人应了解这些潜在风险，并提前做好准备。
有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更详细的法律建议。