当单位遭遇员工诈骗，且诈骗款项被单位收取（这里可能存在表述上的混淆，通常理解为诈骗款项本应属于单位但被员工非法占有，或员工以单位名义诈骗他人导致单位受损，以下基于后者常见情况解答）时，单位可以采取以下步骤来处理：
一、紧急应对与证据收集
迅速收集证据：这是处理此类事件的基础。单位应立即收集所有与员工诈骗行为相关的证据，包括但不限于交易记录、通信记录、员工的工作记录、监控录像等。这些证据将有助于后续的法律程序和内部调查。
评估损失：详细记录并评估因员工诈骗行为给单位造成的直接和间接损失，包括财务损失、声誉损害等。
二、法律程序
向公安机关报案：单位应尽快向当地公安机关报案，详细陈述员工诈骗的事实和证据。公安机关将依法展开侦查，并可能对涉事员工采取刑事强制措施。
配合侦查：在侦查过程中，单位应积极配合公安机关的工作，提供必要的协助和信息，以加快案件的侦破进程。
刑事附带民事诉讼：如果员工的行为构成诈骗罪，并且法院最终认定其有罪，单位可以通过刑事附带民事诉讼的方式，要求员工返还诈骗所得，并赔偿单位因此遭受的经济损失。
三、内部管理措施
纪律处分：根据单位的内部规章制度，对涉事员工进行相应的纪律处分，如解除劳动合同、开除等。这是维护单位纪律和形象的重要措施。
加强内部监管：此次事件应作为单位加强内部监管的契机。单位应建立和完善合规制度，加强对员工的法律教育和职业道德培训，防止类似事件再次发生。
风险评估与防范：对单位的业务流程、财务管理等方面进行全面的风险评估，识别并修复可能存在的漏洞和弱点，以降低未来发生类似风险的可能性。
四、责任界定与民事赔偿
单位责任界定：通常情况下，如果员工是个人独自犯罪，单位不需要承担刑事责任。但是，如果单位在管理上存在过错，如管理制度不完善、监督不力等，可能需要承担一定的民事赔偿责任。
民事赔偿协商或诉讼：如果单位需要承担民事赔偿责任，应与受害方进行协商，寻求合理的赔偿方案。如果协商不成，可以通过法律途径解决，即提起民事诉讼。
五、后续跟进与预防
跟进案件进展：单位应持续跟进案件的进展，确保法律程序得到公正、公平的处理。
完善预防机制：针对此次事件暴露出的问题，单位应进一步完善预防机制，包括加强员工背景调查、建立举报奖励制度等，以构建更加安全、合规的工作环境。
综上所述，当单位遭遇员工诈骗时，应迅速收集证据、向公安机关报案、配合侦查、通过法律途径追讨损失，并在内部管理上加强防范机制。同时，单位也应根据自身情况，合理界定责任并采取相应的民事赔偿措施。