当单位涉嫌合同诈骗犯罪时，处理流程和相关责任追究主要遵循以下步骤和原则：
一、司法机关的处理流程
侦查阶段：
- 一旦单位被怀疑犯有合同诈骗罪，司法机关（如公安机关）会启动侦查程序。
- 侦查人员会收集证据，包括合同文件、交易记录、通信记录等，以查明事实真相。
- 单位需积极配合调查，如实提供证据材料。
起诉阶段：
- 侦查结束后，若认为单位存在合同诈骗行为，检察机关会依法提起公诉。
- 起诉书会详细列明单位的犯罪事实、证据以及法律依据。
审判阶段：
- 法院会依法对案件进行审理，听取控辩双方的意见。
- 若罪名成立，法院会根据诈骗数额、情节严重程度等因素，对单位判处罚金。
- 同时，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，法院会依照自然人犯合同诈骗罪的规定进行处罚。
二、相关责任人员的责任追究
直接负责的主管人员：
- 这类人员通常指在单位犯罪中起决定、批准、授意、纵容、指挥等作用的人员。
- 他们需承担与犯罪情节相适应的刑事责任。
其他直接责任人员：
- 这类人员指在单位犯罪中具体实施犯罪并起较大作用的人员。
- 他们同样需根据犯罪情节承担刑事责任。
员工责任判定：
- 若员工对单位合同诈骗行为不知情且未参与实施，通常不会被追究责任。
- 若员工知晓并积极参与诈骗行为，或存在重大过失导致诈骗得逞，则可能需承担刑事责任或民事赔偿责任。
三、民事赔偿问题
- 单位犯合同诈骗罪后，受害者有权要求单位进行经济赔偿以弥补损失。
- 赔偿范围通常包括因诈骗行为造成的直接经济损失以及合理的间接损失。
四、建议与注意事项
- 积极配合调查：单位应积极配合司法机关的调查工作，如实提供证据材料，以减轻可能的法律责任。
- 加强内部管理：单位应建立健全内部管理制度，加强合同管理、财务管理和人员管理，防范合同诈骗行为的发生。
- 增强法律意识：单位员工应增强法律意识，了解合同诈骗罪的法律规定和法律责任，避免参与任何违法犯罪行为。
综上所述，当单位涉嫌合同诈骗犯罪时，司法机关会依法进行处理，并对相关责任人员进行责任追究。同时，单位也需积极配合调查工作，并加强内部管理和法律意识培训，以防范类似行为的发生。