有限责任公司有民事案件正在处理时，是可以变更法定代表人的。不过，这一变更过程需要遵循一定的法律程序和规定，以下从不同角度为您详细分析：
一、法律程序角度
公司内部决策程序：
- 根据《公司法》的相关规定，公司法定代表人的变更通常需要经过公司内部决策程序，如股东会或董事会的决议。
- 在有民事案件正在处理的情况下，公司仍应按照公司章程和法律规定，召开相应的会议并作出决议，以变更法定代表人。
工商变更登记：
- 变更法定代表人后，公司需要向工商行政管理部门办理变更登记手续。
- 这一步骤是法定要求，旨在确保公司登记信息的准确性和公开性。即使公司有民事案件在身，也不妨碍其进行工商变更登记。
二、民事案件影响角度
案件性质与法定代表人变更的关系：
- 民事案件的性质（如合同纠纷、侵权纠纷等）通常不会直接影响公司法定代表人的变更。
- 除非案件涉及法定代表人的个人责任或公司章程中有特别规定，否则案件处理过程中公司可以正常变更法定代表人。
法院或仲裁机构的限制：
- 在某些特殊情况下，如法院或仲裁机构认为变更法定代表人可能影响案件审理或执行，可能会对变更行为提出限制或要求。
- 但这种情况较为罕见，且需要法院或仲裁机构出具明确的法律文书作为依据。
三、实际操作建议
咨询专业律师：
- 在进行法定代表人变更前，建议公司咨询专业律师，以了解变更过程中可能涉及的法律问题和风险。
- 律师可以提供具体的法律建议和操作指导，确保变更过程合法合规。
准备相关文件：
- 变更法定代表人需要准备一系列文件，如股东会或董事会决议、法定代表人身份证明、工商变更登记申请表等。
- 公司应确保这些文件的真实性和合法性，以避免因文件问题导致的变更失败或法律风险。
关注案件进展：
- 在变更法定代表人过程中，公司应密切关注民事案件的进展情况。
- 如案件出现重大变化或法院/仲裁机构提出特别要求，公司应及时调整变更策略并咨询律师意见。
总结来看，有限责任公司有民事案件正在处理时，是可以变更法定代表人的。但公司应确保变更过程合法合规，并密切关注案件进展情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。