针对您提出的“有股权转让协议但是被冒签完成工商登记，行政诉讼法院会怎么判”的问题，以下是我的详细分析：

1. 行政诉讼的焦点：

   • 在此类行政诉讼中，法院的核心审查点在于工商登记行为的合法性。这包括登记程序是否合规、提交的材料是否真实有效等。
   • 若股权转让协议上的签名系被冒签，那么该协议的真实性将受到质疑，进而可能影响工商登记的合法性。

2. 冒签行为的法律后果：

   • 冒签行为可能构成伪造公司印章或签名等违法行为，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能面临刑事处罚。
   • 从民事角度讲，冒签行为导致股权转让协议无效或可撤销，被冒签方有权要求恢复原状或赔偿损失。

3. 行政诉讼中法院的可能判决：

   • 若法院认定工商登记行为违法：
     • 法院可能会判决撤销或变更该工商登记，恢复至冒签前的状态。
     • 同时，法院可能会建议或要求相关行政部门对冒签行为进行调查处理。
   • 若法院认定工商登记行为合法但存在程序瑕疵：
     • 法院可能会指出登记程序中的问题，并建议行政部门进行补正或改进。
     • 但若瑕疵不影响登记结果的实质性合法性，法院可能不会直接撤销登记。
   • 若法院认定工商登记行为完全合法：
     • 这通常意味着法院认为提交的材料真实有效，且登记程序合规。
     • 在此情况下，若您能提供充分证据证明冒签行为的存在，您可能需要通过其他法律途径（如民事诉讼）来维护自己的权益。

4. 您的应对策略：

   • 收集证据：首先，您需要收集能够证明冒签行为存在的证据，如笔迹鉴定报告、证人证言等。
   • 提起行政诉讼：在掌握充分证据后，您可以向法院提起行政诉讼，要求撤销或变更违法的工商登记。
   • 考虑民事诉讼：若行政诉讼未能完全解决您的问题，您还可以考虑提起民事诉讼，要求冒签者承担民事责任。

5. 注意事项：

   • 行政诉讼的时效性：请注意行政诉讼的起诉期限，避免因超过期限而丧失诉讼权利。
   • 证据的充分性：在提起诉讼前，请确保您已收集到足够且有效的证据来支持您的主张。
   • 法律程序的复杂性：行政诉讼和民事诉讼都可能涉及复杂的法律程序和证据规则，建议您在诉讼过程中寻求专业律师的帮助。

总结来说，若股权转让协议上的签名系被冒签，且该冒签行为影响了工商登记的合法性，那么在行政诉讼中，法院有可能会判决撤销或变更该工商登记。但具体判决结果还需根据案件的具体情况和法院的审查结果来确定。如果您在此类问题上遇到困难或有进一步的疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。