针对部门负责人同时作为经办人出现问题时的问责，需结合其双重身份及具体过错情形，从公司内部治理与外部法律责任两个维度综合分析。以下为具体处理思路：

一、公司内部问责机制

1. 明确职责边界
   首先需审查公司章程、部门规章制度或岗位说明书，确认部门负责人与经办人的职责划分。若制度未明确区分，可能构成管理漏洞，需优先完善制度。

   • 示例：若制度规定“部门负责人对经办事项负最终审批责任”，则其需对经办过程中的违规行为承担管理责任；若仅规定“经办人负责具体执行”，则需区分是执行失误还是故意违规。

2. 过错类型与问责方式

   • 管理失职：若部门负责人未履行监督职责（如未审核经办文件、放任违规操作），可依据公司制度追究其管理责任，包括警告、扣减绩效、降职等。
     
   • 直接过错：若部门负责人以经办人身份直接参与违规行为（如伪造合同、挪用资金），则需按员工违纪处理，严重者可解除劳动合同。
     
   • 利益冲突：若部门负责人利用经办人身份谋取私利（如收受回扣），可能涉及职务侵占或商业贿赂，需移送司法机关。

3. 问责程序

   • 调查取证：公司应成立专项调查组，收集证据（如邮件、签字文件、监控记录等），确认过错事实。
     
   • 听证与申诉：给予被问责人陈述申辩机会，避免程序瑕疵。
     
   • 决定与执行：根据调查结果，由公司高层或董事会作出问责决定，并书面通知被问责人。

二、外部法律责任

1. 民事责任

   • 若部门负责人的行为导致公司或第三方损失（如合同违约、侵权），公司可要求其赔偿损失。
     
   • 法律依据：《民法典》第1165条（过错责任原则），若其行为构成职务行为，公司可能需先对外承担责任，再向其追偿。

2. 行政责任

   • 若行为违反行政法规（如税务违规、环保违法），可能面临行政处罚（罚款、吊销执照等），部门负责人作为直接责任人可能被处罚。
     
   • 示例：《税收征收管理法》第63条规定，偷税行为可对直接责任人处以罚款。

3. 刑事责任

   • 若行为涉嫌犯罪（如职务侵占、挪用资金、非国家工作人员受贿罪），需移送公安机关立案侦查。
     
   • 关键点：需区分个人行为与职务行为，若以公司名义实施犯罪，可能构成单位犯罪，部门负责人作为直接主管人员需承担刑事责任。

三、实务建议

1. 完善制度：明确部门负责人与经办人的职责边界，建立利益冲突申报机制。
   
2. 强化监督：通过内部审计、合规检查等方式，及时发现并纠正违规行为。
   
3. 依法问责：问责前需充分调查，确保程序合法，避免因问责不当引发劳动争议。
   
4. 刑事风险防控：对涉嫌犯罪的行为，应立即停止相关操作，并咨询刑事律师评估风险。

如有具体案情，可进一步提供细节，我将为您定制问责方案。