针对您提出的“没收违法经营的特种设备怎么处罚”的问题，以下是我根据相关法律法规为您提供的详细解答：

一、处罚依据

根据《中华人民共和国特种设备安全法》（2014年施行）第八十二条的规定，特种设备经营单位若存在以下行为之一，将面临责令停止经营、没收违法经营的特种设备，并处三万元以上三十万元以下罚款的处罚；若有违法所得，还将没收违法所得：

1. 销售、出租未取得许可生产，未经检验或者检验不合格的特种设备的；
2. 销售、出租国家明令淘汰、已经报废的特种设备，或者未按照安全技术规范的要求进行维护保养的特种设备的。

二、处罚流程

1. 立案责任：市场监督管理部门在发现涉嫌违法经营特种设备的行为后，将进行审查，并决定是否立案。

2. 调查责任：立案后，市场监督管理部门将指定专人负责，及时组织调查取证。调查过程中，执法人员不得少于两人，并应出示执法证件，听取当事人的辩解陈述并作记录。

3. 审查责任：市场监督管理部门将对案件调查报告进行审查，包括案件的违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度等方面，并提出处理意见。

4. 告知责任：在作出行政处罚决定前，市场监督管理部门将制作《行政处罚事先告知书》送达当事人，告知其违法事实及享有的陈述、申辩等权利。若符合听证规定，还将制作《行政听证告知书》。

5. 决定责任：市场监督管理部门将根据审查结果和当事人的陈述、申辩情况，制作行政决定书，载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或者听证情况等内容。对于重大行政处罚，还将依照相关规定进行集体讨论。

6. 送达责任：行政处罚文书将按照法定方式送达当事人。

7. 执行责任：市场监督管理部门将依照生效的行政处罚决定书，执行相应的行政处罚，如责令停止经营、没收违法经营的特种设备、罚款等。

三、追责情形

若市场监督管理部门在实施行政处罚过程中存在没有法定的行政处罚依据、擅自改变行政处罚种类或幅度、违反法定的行政处罚程序等情形，将由上级行政机关或者有关部门责令改正，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。

综上所述，对于没收违法经营的特种设备的处罚，市场监督管理部门将依据相关法律法规进行严格的行政处罚，并确保处罚流程的合法性和公正性。希望以上解答能对您有所帮助。