以物抵债的房屋已被法院其他案件查封，债权人能否要求支付工程款，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、以物抵债协议的性质与效力
以物抵债协议通常被视为“新债清偿”，即达成协议后原债务并不消灭，新债是履行旧债的途径，而非直接替代旧债。在债务人或第三人履行以物抵债协议后，旧债务才会消灭。若债务人或第三人未按照约定履行以物抵债协议，经债权人催告后在合理期限内仍不履行，债权人则有权选择请求履行原债务或者以物抵债协议。
二、房屋被查封对以物抵债协议的影响
若房屋查封导致以物抵债协议无法履行：
- 在此情况下，债权人可以主张以物抵债协议履行不能，并要求债务人履行原债务，即支付工程款。但债权人需提供证据证明其已催告债务人履行以物抵债协议，且债务人经催告后在合理期限内仍不履行。
若房屋查封不影响以物抵债协议的履行：
- 若房屋查封只是暂时的，或者查封后可以通过协商、解封等方式继续履行以物抵债协议，那么债权人通常不能直接要求债务人支付工程款。因为此时以物抵债协议仍然有效，且债务人有可能履行该协议。
三、具体案例分析
以槐荫法院审理的一起建设工程施工合同纠纷案为例：
- 案情回顾：甲公司与乙公司签订《委建合同》，后乙公司依约完成工程建设，但甲公司未如期支付工程款。随后，甲、乙、丙、丁四家公司签订了《抵顶协议书》，约定甲公司将其所开发的某小区房屋作价转让给丁公司，以代替甲公司欠付乙公司的工程款。然而，在丁公司接收房屋时发现该房屋已被抵押。乙公司主张甲公司将房屋抵押导致《抵顶协议书》履行不能，故将甲公司诉至法院要求支付工程款。
- 法院审理：法院认为，甲、乙、丙、丁四公司签订的协议书系四方真实意思表示，不违反法律行政法规的强制性规定。因甲公司已部分履行了协议书确定的义务，且房屋所设立的抵押登记也已在本案立案前涤除，不存在无法履行协议书的法律和事实障碍。因此，乙公司要求甲公司支付工程款及利息的请求未得到法院支持。
四、法律建议
对于债权人：
- 在签订以物抵债协议前，应充分了解债务人的财产状况和信用情况，确保协议能够顺利履行。
- 若房屋被查封导致以物抵债协议无法履行，应及时收集证据并催告债务人履行协议。若债务人经催告后仍不履行，则有权选择请求履行原债务或者以物抵债协议。
对于债务人：
- 应积极履行以物抵债协议，确保房屋能够顺利交付给债权人。
- 若房屋被查封导致无法履行协议，应及时与债权人协商解决方案，避免引发法律纠纷。
若您遇到类似情况，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更准确的法律建议。