当事人恶意串通，损害他人合法权益的建房许可无效。以下从法律角度进行详细分析：
一、恶意串通的法律定义与后果
根据《中华人民共和国民法典》第一百五十四条的规定：“行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。”所谓恶意串通，是指行为人与相对人互相勾结，为谋取私利而实施的损害他人合法权益的民事法律行为。这种行为一旦被认定，从一开始就没有法律约束力。
二、建房许可与恶意串通的关系
建房许可作为一项行政许可，其合法性取决于申请过程是否符合法律法规的规定。如果当事人在申请建房许可的过程中存在恶意串通，损害他人合法权益的行为，那么该建房许可的合法性就会受到质疑。具体来说，如果当事人通过非法勾结、隐瞒真相等手段获取建房许可，而该许可的获取又直接损害了其他人的合法权益，那么该建房许可就应当被视为无效。
三、恶意串通建房许可无效的法律后果
许可无效：一旦建房许可被认定为因恶意串通而无效，那么该许可自始就没有法律效力。这意味着，基于该许可所进行的建房行为也将失去合法依据。
财产返还与补偿：如果因恶意串通而获得的建房许可导致了财产上的不当得利，那么有过错的一方应当返还所取得的财产。如果财产无法返还或者没有必要返还，那么应当进行折价补偿。
损失赔偿：有过错的一方还应当赔偿对方因此所受到的损失。如果各方都有过错，那么应当各自承担相应的责任。
四、实际案例分析
以房屋买卖合同为例，如果出卖人与买受人恶意串通，以低价转让房屋并损害其他继承人的利益，那么该房屋买卖合同将被认定为无效。类似地，在建房许可的申请过程中，如果当事人恶意串通并损害了他人的合法权益，那么该建房许可也将面临无效的法律后果。
五、建议与措施
加强监管：相关部门应当加强对建房许可申请过程的监管，防止当事人通过恶意串通等手段获取不正当利益。
法律救济：如果当事人发现自己的合法权益因他人恶意串通而受到损害，应当及时寻求法律救济，通过诉讼或仲裁等方式确认相关行为的无效性，并要求有过错的一方承担相应的法律责任。
诚信原则：当事人在申请建房许可或其他民事法律行为时，应当遵循诚信原则，不得通过恶意串通等手段损害他人的合法权益。
如有任何关于房产纠纷或其他法律问题的疑问，请直接向我咨询。