针对您提出的“父亲留下的遗产有母亲的死亡赔偿金怎么办”这一问题，我们需要从法律的角度进行详细分析。

首先，要明确的是，死亡赔偿金并非遗产。根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，遗产是自然人死亡时遗留的个人合法财产，而死亡赔偿金是基于人身损害获得的赔偿，它是对死亡受害人的近亲属因为受害人死亡而受到的补偿。因此，死亡赔偿金的性质与遗产是截然不同的。

接下来，关于死亡赔偿金的分配问题。虽然法律并未对死亡赔偿金的具体分配方式有明文规定，但在实务中，一般会参照《继承法》（现已被《民法典》继承编替代）分割遗产的原则进行合理分配。这通常意味着，会根据与死者关系的亲疏远近、与死者共同生活的紧密程度及生活来源等因素来适当分割，而非简单的等额分配。

针对您提到的具体情况，即父亲想要用母亲的死亡赔偿金来清偿他个人所负的债务，这是不合法的。因为死亡赔偿金并非遗产，所以不能用于清偿死者生前的债务，更不能用于清偿死者近亲属的个人债务。除非权利人（如您或其他近亲属）自愿偿还，否则债务人无权要求用该笔款项偿还债务。

那么，对于这笔死亡赔偿金，应该如何处理呢？建议家庭成员之间进行充分沟通，根据与死者的关系、共同生活的紧密程度等因素，协商出一个合理的分配方案。如果无法达成一致，可以寻求法律途径解决，比如通过诉讼来由法院进行裁决。

最后，我想强调的是，面对这样的家庭纠纷，保持冷静和理性至关重要。通过法律途径来解决问题，不仅可以维护各方的合法权益，也有助于维护家庭关系的和谐与稳定。希望这些建议能对您有所帮助。