核心结论：农民工与总公司签订协议后，能否以分公司名义开户，需根据协议性质、分公司法律地位及具体业务场景综合判断，存在两种主要情形。以下为具体分析：

1. 若协议明确约定以分公司名义开户，且分公司具备独立法律地位

根据《公司法》第14条，分公司虽不具有独立法人资格，但可依法登记并领取营业执照，在总公司授权范围内以自身名义开展业务（如签订合同、开设银行账户）。若协议中明确约定“以分公司名义开户”，且分公司已取得营业执照及银行开户许可，则该操作具有合法性。
关键点：

• 分公司需完成工商登记并取得营业执照；
  
• 协议需明确授权分公司开户，避免总公司与分公司权责不清；
  
• 银行开户需符合《人民币银行结算账户管理办法》中关于企业开户的实质要件（如提供总公司授权文件、分公司营业执照等）。

2. 若协议未明确约定开户主体，或分公司不具备独立法律地位

若协议仅约定“由总公司负责农民工工资发放”，或分公司未取得营业执照（如仅作为总公司内部部门存在），则以分公司名义开户可能面临以下风险：

• 法律风险：分公司无独立财产权，若因开户产生债务（如账户资金被冻结），可能牵连总公司承担连带责任；
  
• 实务风险：银行可能以“分公司无独立法人资格”为由拒绝开户，或要求总公司出具加盖公章的授权书、担保函等文件，增加操作成本；
  
• 合规风险：若分公司未依法登记即开展业务，可能被工商部门认定为“非法经营”，面临行政处罚。
  

建议操作：

1. 优先以总公司名义开户：若协议未明确约定开户主体，或分公司未取得营业执照，建议直接以总公司名义开设农民工工资专用账户，避免权责纠纷；
   
2. 明确授权文件：若需以分公司名义开户，务必在协议中增加“总公司授权分公司开设账户并管理资金”的条款，并由总公司出具书面授权书；
   
3. 咨询银行要求：提前向目标银行确认分公司开户所需材料（如营业执照、总公司授权书、负责人身份证等），确保材料齐全。
   

如有进一步疑问（如协议条款设计、分公司登记流程等），可直接向我咨询，我会结合具体协议文本及业务场景提供详细建议。