公共设施占用企业用地，企业可依法通过协商、行政途径或司法途径解决，具体处理方式需结合占用性质、程序合法性及补偿情况综合判断。以下是详细分析：

1. 确认占用性质与程序合法性

• 合法占用：若公共设施建设（如道路、管线）已依法办理用地审批手续（如征收、划拨），且企业已获得合理补偿，则占用行为合法。企业可要求相关部门出示审批文件及补偿协议，核实补偿标准是否符合《土地管理法》《国有土地上房屋征收与补偿条例》等规定。
• 非法占用：若未履行审批程序或补偿不到位，企业有权拒绝占用，并可要求恢复原状或赔偿损失。例如，未签订补偿协议即强行施工，可能构成侵权。

2. 协商与行政途径

• 协商解决：企业可与占用方（如政府、公共事业单位）协商补偿方案，包括土地价值、停产损失等。协商需保留书面记录，避免口头承诺。
• 行政复议：若占用行为涉及行政许可（如规划审批），企业可向上一级行政机关申请复议，要求撤销违法许可或重新评估补偿。

3. 司法救济途径

• 行政诉讼：对行政机关的占用行为或补偿决定不服，企业可在6个月内提起行政诉讼，要求法院确认行为违法或撤销补偿决定。
• 民事诉讼：若占用方为非行政主体（如企业间纠纷），可直接起诉侵权方，要求停止侵害、赔偿损失。

4. 关键证据与程序

• 证据收集：土地权属证明（如土地证）、占用现场照片、沟通记录、补偿协议（如有）等。
• 时效注意：行政诉讼需在知道行为之日起6个月内提起，民事诉讼时效为3年。

5. 特殊情形处理

• 紧急情况占用：如因抢险救灾临时占用，企业可要求事后补偿，但需核实是否符合《突发事件应对法》的紧急使用规定。
• 历史遗留问题：若占用发生在土地管理法修订前，需结合当时政策处理，可能涉及补办手续或协商补偿。

建议行动步骤：

1. 核实占用方是否持有合法审批文件；
   
2. 评估补偿是否合理（可委托评估机构）；
   
3. 优先通过协商或行政复议解决；
   
4. 若无效，及时启动司法程序。
   

如有具体案例或文件，可进一步提供细节，我将协助分析法律风险及应对策略。