结论：法院判决后，若肇事人只有交强险，保险公司会在交强险责任限额内代为赔偿，超出部分由肇事人自行承担。具体分析如下：

1. 交强险的赔偿性质
   交强险（机动车交通事故责任强制保险）是法定强制保险，其核心功能是在责任限额内对第三者的人身伤亡和财产损失进行赔偿。根据《机动车交通事故责任强制保险条例》，保险公司需在交强险分项限额内（如医疗费1.8万元、死亡伤残18万元、财产损失0.2万元）直接向受害人赔付，无需以肇事人是否具有赔偿能力为前提。因此，若法院判决受害人的损失在交强险限额内，保险公司必须代为赔偿。

2. 超出交强险限额的部分
   若法院判决的赔偿金额超过交强险责任限额（例如受害人医疗费需20万元，但交强险医疗费限额仅1.8万元），则超出部分由肇事人自行承担。此时，若肇事人无其他商业保险或个人财产，受害人可能面临执行困难，但法律上仍以肇事人为赔偿义务主体。

3. 保险公司代赔的例外情形
   保险公司可能拒绝代赔的情形仅限于法定免责事由，如：

   • 肇事人无证驾驶、醉酒驾驶、故意制造事故等违法行为；
     
   • 车辆被盗抢期间发生事故；
     
   • 受害人故意造成事故（如碰瓷）。
     若不存在上述情形，保险公司不得以“肇事人只有交强险”为由拒赔。

建议：若您是受害人，可凭法院判决书直接向保险公司申请交强险赔付，同时对超出部分申请强制执行肇事人财产；若您是肇事人，需提前评估自身赔偿能力，必要时通过协商分期赔偿或提供其他担保减少纠纷。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件处理方案。