结论前置：若用人单位与劳动者约定了三个月的试用期（实习期），则劳动合同的签订年限应至少为三年以上（包括三年），或在有明确法律依据支持的情况下，签订一年以上三年以下的固定期限劳动合同，但后者需确保试用期约定不违反法律规定。
法律分析
试用期的法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条，劳动合同期限与试用期长短有明确的对应关系。具体来说，三个月以上不满一年的劳动合同，试用期不得超过一个月；一年以上不满三年的劳动合同，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。
三个月试用期的合法性：
- 若要合法地约定三个月的试用期，劳动合同的期限必须满足法律规定的条件。最常见且稳妥的做法是签订三年以上（包括三年）的劳动合同或无固定期限劳动合同。在特定情况下，如双方协商一致且不违反其他法律规定，一年以上三年以下的劳动合同也可以约定三个月试用期，但这种情况较为少见，且需严格遵循法律条款。
实际操作的建议：
- 从实际操作和法律风险防控的角度来看，为了确保试用期的合法性以及劳动关系的稳定性，如果用人单位与劳动者约定了三个月的试用期，建议劳动合同的签订年限为三年以上。这样做不仅完全符合法律的强制性规定，还能为双方提供更稳定、可预期的劳动关系基础。
违法后果：
- 如果劳动合同期限不满三年而约定了三个月的试用期，这可能违反法律规定。在此种情况下，超出的试用期部分可能不产生法律效力，用人单位还可能面临支付赔偿金的风险。
举例说明
- 合法案例：一家科技公司招聘新员工，与其签订了一份为期四年的劳动合同，并约定了三个月的试用期。在试用期内，公司对员工的工作表现进行全面考核评估，三个月后根据考核结果决定是否正式录用该员工。此做法完全符合法律规定。
- 违法案例：另一家初创企业与新员工签订了仅一年的劳动合同，却约定了三个月的试用期。这种做法违反了《劳动合同法》关于试用期与劳动合同期限对应关系的规定，因此是违法的。企业可能因此面临法律纠纷和赔偿风险。
法律建议
- 审查合同条款：劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同中关于期限和试用期的条款，确保自己的权益得到保障。
- 咨询专业律师：如果对合同条款有疑问或不确定，建议咨询专业律师以获取法律意见。
- 保留证据：在签订和履行劳动合同过程中，劳动者应保留好相关证据，如合同文本、工资单、工作记录等，以备不时之需。
综上所述，对于“三个月实习期签几年的合同”的问题，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定以及实际操作的惯例，如果双方约定了三个月的试用期（或实习期），那么劳动合同通常会签订为三年以上，以确保试用期的合法性和劳动关系的稳定性。如果有其他法律问题，也可以直接向我咨询。