员工辞职时，老板扣除休息天数工资是否合法需分情况判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
员工按法定程序辞职：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，员工提前三十日以书面形式通知用人单位，或在试用期内提前三日通知，即可解除劳动合同。
- 在此情况下，单位应按劳动合同约定和实际出勤天数足额支付工资，不得随意克扣休息日工资。因为休息日是员工依法享有的权益，单位无权因员工辞职而剥夺。
员工未提前通知擅自离职但未造成损失：
- 如果员工未提前通知擅自离职，但并未给单位造成经济损失，那么单位扣除休息天数工资也是不合法的。单位应依据实际出勤情况支付工资，不得无故克扣。
不合法但可扣除工资的情况
- 员工未提前通知擅自离职且造成损失：
- 若员工未提前通知擅自离职，给单位造成经济损失，单位可依据《工资支付暂行规定》第十六条，按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
- 在这种情况下，单位可从员工工资中扣除赔偿款项，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。但需要注意的是，这种扣除是针对经济损失的赔偿，而非直接扣除休息日工资。
应对措施
与单位协商：
- 如果员工认为单位扣除休息天数工资不合法，可先与单位进行协商，明确指出扣除工资的行为违反了相关法律法规，要求单位足额支付工资。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉。投诉时需准备能证明劳动关系和工资标准的材料，如劳动合同、工资条、考勤记录等。劳动监察部门会介入调查，并责令单位改正。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果对劳动监察部门的处理结果不满意，员工还可向劳动仲裁机构申请仲裁，或对仲裁结果不满意时在规定时间内向法院提起诉讼。通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来看，员工辞职时，老板扣除休息天数工资是否合法取决于员工是否按法定程序辞职以及是否给单位造成经济损失。如果员工按法定程序辞职且未给单位造成损失，那么单位扣除休息天数工资是不合法的。如果员工有问题，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律建议。