若出资人未按出资协议设立有限公司，已缴纳的出资款原则上应由发起人负责返还。具体分析如下：
一、法律关系与责任主体
- 发起人之间的法律关系：在公司设立过程中，发起人之间的关系通常被认定为民事合伙关系。这意味着，发起人之间需按照合伙合同的约定或法律规定，共同承担设立行为产生的费用和债务。
- 责任主体：当公司未能成功设立时，发起人对已缴纳的出资款负有返还义务。这一责任源于发起人之间的合伙关系以及设立行为的目的未达成。
二、出资款返还的法律依据与处理方式
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第九百七十二条：合伙的利润分配和亏损分担，按照合伙合同的约定办理；合伙合同没有约定或者约定不明确的，由合伙人协商决定；协商不成的，由合伙人按照实缴出资比例分配、分担；无法确定出资比例的，由合伙人平均分配、分担。这一条款为出资款返还提供了基本的法律框架。
- 《中华人民共和国公司法》相关规定：虽然《公司法》主要规范已设立公司的行为，但其中关于发起人责任的规定（如股份有限公司的发起人对认股人已缴纳股款的返还义务）可类推适用于有限责任公司未设立时的情形。
处理方式：
- 依据出资协议或公司设立协议：若出资协议或公司设立协议中明确约定了出资款返还的方式和责任主体，则应按照协议约定处理。
- 无约定或约定不明时的处理：若协议中未约定或约定不明，则发起人应协商确定出资款返还方案。通常，出资款会按实缴出资比例返还给各出资人。同时，若部分发起人存在过错导致设立失败，无过错发起人可要求过错方承担相应赔偿责任。
三、实际操作中的注意事项
- 确认公司未能成立的事实：在处理出资款返还问题前，需确认公司确实未设立。这通常涉及相关政府部门的通知或公告。
- 及时协商并确定退还方案：发起人应尽快与已出资的股东进行协商，确定出资款返还的具体方案。这有助于减少纠纷和误解。
- 确保退还过程的合法性和合规性：在退还出资款时，需确保整个过程的合法性和合规性。如有必要，可寻求专业法律人士的帮助。
- 保留相关证据：在处理出资款返还问题时，需保留好相关证据，如出资协议、付款凭证、协商记录等。这些证据在后续可能发生的纠纷中具有重要作用。
四、特殊情况下的处理
- 部分发起人过错导致设立失败：若部分发起人存在过错导致公司设立失败，无过错发起人可要求过错方承担相应赔偿责任。这有助于保障无过错发起人的合法权益。
- 设立费用分担：在公司设立过程中产生的合理费用，应由发起人按出资比例分担。若部分发起人存在过错导致费用增加，过错方应承担相应责任。
建议：在实际操作中，出资人应密切关注公司设立进展，并在发现公司可能无法设立时及时与发起人协商出资款返还事宜。若协商无果或存在纠纷，可寻求专业法律人士的帮助以维护自身合法权益。