招标文件中约定招标主体与合同签订主体不一致，在存在合法且清晰的授权代理关系的情况下是可以的。以下从不同角度进行详细分析：

合法授权情况下的有效性

1. 授权代理的合法性：当招标主体（招标人）通过合法有效的授权委托书，明确授权另一家单位（如全资子公司、招标代理机构等）作为其全权代表处理签约事项时，这种授权关系是受到法律保护的。在此情况下，即使合同签订主体与招标主体不一致，合同依然具有法律效力。

2. 合同内容的合规性：合同内容必须与招标人的要求保持一致，且不得背离招标文件和中标人的投标文件的实质性内容。如果合同条款的订立违反了招标文件中的强制性规定，或者违反法律法规的强制性规定，该条款可能会被认定无效。

3. 法律后果的承担：若签约方能够获取到招标人的授权委托，那么在法律层面上便无需承担因主体不一致而产生的相应责任。但如果未经授权，招标单位有权不认可该合同，未获授权方签订合同属于无权代理，招标单位可追究其责任，若因此给招标单位造成损失，未获授权方应承担赔偿责任。

未经授权情况下的风险

1. 合同效力的不确定性：如果招标主体与合同签订主体之间不存在合法授权的委托关系，那么此类合约很有可能被判定为无效。这将对合同的履行和双方的权益产生严重影响。

2. 法律责任的承担：未经授权签订合同的一方，如果因此给招标主体造成损失，需要承担相应的赔偿责任。同时，招标主体也可能因未严格遵守招投标规定而面临行政处罚和信誉损失。

实际操作中的建议

1. 明确授权关系：在招标文件中，应明确标注出招标项目的具体委托人名称，并在正式签订合同时，由招标主体向签约方提供具有法律效力的全权代理证书。

2. 严格遵守法律法规：招标主体和合同签订主体都应严格遵守《招标投标法》及其相关实施条例的规定，确保招投标活动的合法性和合规性。

3. 及时协商解决：如果发现招标主体与合同签订主体不一致的情况，双方应及时协商解决。可以通过由招标主体追认该合同使其生效，或重新签订合同由招标主体作为合同一方正式签署等方式来处理。

4. 寻求法律途径：如果协商不成，受损害方可以通过法律途径解决。受损方应收集相关证据，如招标文件、投标文件、沟通记录等，向法院提起诉讼，要求确认合同效力、追究责任或赔偿损失。