结论：财政项目立项给属地城投公司后，运营阶段通常仍需签订协议，但具体是否需要签订以及签订何种协议，需结合项目性质、资金来源、运营模式及法律规定综合判断。以下从不同角度展开分析：
1. 从合同必要性角度
- 项目性质决定协议需求：若财政项目涉及特许经营、公共服务供给（如供水、供电、垃圾处理等），根据《基础设施和公用事业特许经营管理办法》，需通过特许经营协议明确城投公司与政府方的权利义务，包括服务标准、价格调整机制、违约责任等。即使立项时已明确由城投公司运营，运营阶段仍需补充协议细化条款。
- 资金来源影响协议形式：若项目资金为财政专项资金，需遵守《政府投资条例》中关于项目实施的规定。若资金通过补贴、贷款贴息等方式支持城投公司运营，可能需签订资金使用协议或补贴协议，明确资金用途、绩效目标及考核方式。
2. 从风险防控角度
- 明确权责边界：即使立项文件已指定城投公司为运营主体，若未通过协议明确双方在项目变更、暂停、终止等情形下的处理方式，可能因权责不清引发纠纷。例如，若项目因政策调整需提前终止，协议可约定补偿标准及程序。
- 合规性要求：根据《民法典》合同编，民事主体从事民事活动应遵循自愿、公平、诚信原则。签订协议可固定双方合意，避免因口头约定或单方文件导致证据缺失，降低法律风险。
3. 从实践操作角度
- 补充协议的常见性：实践中，财政项目立项后，政府方与城投公司常通过签订《项目运营合作协议》《委托运营协议》等文件，对立项文件中的原则性规定进行细化。例如，明确运营期限、服务质量考核指标、付费机制（如按效付费）等。
- 例外情形：若项目为政府直接购买服务，且已通过政府采购程序签订服务合同，则运营阶段可能无需另行签订协议，但需确保服务合同覆盖运营全周期。
4. 从法律规定角度
- 必须签订协议的情形：若项目涉及土地使用权出让、资源开发等需行政许可的事项，根据《行政许可法》，需通过协议明确许可条件、期限及监管要求。
- 可简化协议的情形：对于短期、小额或风险较低的项目，双方可通过会议纪要、备忘录等形式确认运营安排，但需确保内容符合《民法典》关于合同成立的要件。
建议：
- 梳理项目立项文件，明确是否已包含运营阶段的核心条款（如权责、付费、终止条件）；
- 结合项目风险等级，评估是否需通过协议进一步细化；
- 协议内容应涵盖运营范围、标准、考核、变更及争议解决机制，避免遗漏关键条款。
如有具体项目情况，可进一步向我咨询，我将结合细节提供针对性建议。