当船舶在进口检疫过程中被查出发现有蟑螂（蜚蠊）时，海关会依据相关法律法规进行严肃处理，以确保国境卫生安全，防止有害生物的传播。以下是针对这一问题的详细解答：
一、法律依据
根据《中华人民共和国国境卫生检疫法》第十五条的规定，进出境交通工具如果发现有与人类健康有关的病媒生物，如蟑螂等，应当实施卫生处理，并接受海关的监督。这是海关对进口船舶进行检疫并处理发现蟑螂情况的主要法律依据。
二、处理措施
签发《检验检疫处理通知书》： 当海关在入境船舶上发现蟑螂时，会立即签发《检验检疫处理通知书》，要求船方或相关责任方对船舶进行除虫处理。
监督指导除虫处理： 海关会对除虫处理过程进行监督指导，确保处理措施得到有效执行，防止蟑螂等有害生物的进一步传播。
截获并鉴定蟑螂种类： 海关会截获发现的蟑螂，并进行种类鉴定。例如，在青岛海关的案例中，就截获了2000余只德国小蠊，这是一种适应能力和繁殖能力极强的蟑螂种类，可能携带多种有害病菌。
三、处罚与后续行动
卫生处理： 船方或相关责任方必须按照海关的要求，对船舶进行彻底的除虫处理，以消除蟑螂等有害生物的威胁。
可能面临的处罚： 虽然直接的“处罚”可能并不明确提及罚款或刑事责任，但船方或相关责任方如果未按照海关要求进行卫生处理，或者处理不彻底，导致蟑螂等有害生物继续传播，可能会面临更严重的法律后果，包括但不限于进一步的检疫措施、限制入境、甚至法律诉讼等。
加强后续监管： 海关会对处理后的船舶进行后续监管，确保蟑螂等有害生物已被彻底消除，防止其再次传播。
四、建议与预防措施
为了避免类似情况的发生，建议船方在航行过程中加强卫生管理，定期进行除虫处理，保持船舶的清洁和卫生。同时，在进口前应提前了解并遵守中国的国境卫生检疫法规，确保船舶符合入境要求。
综上所述，当船舶在进口检疫过程中被查出发现有蟑螂时，海关会依据相关法律法规进行严肃处理，包括签发处理通知书、监督指导除虫处理、截获并鉴定蟑螂种类等。船方或相关责任方必须积极配合海关的工作，确保船舶的卫生安全。