结论：劳动合同未签但工作中签署了安全协议，该安全协议在特定条件下具有一定法律效力，但无法完全替代劳动合同。
一、安全协议的法律效力
协议内容合法性：
- 安全协议若内容合法，不违反法律法规的强制性规定，且双方意思表示真实，则该协议具有法律效力。它可以在一定范围内约束双方的行为，例如规定工作安全规范、事故责任承担等。
协议与劳动合同的关系：
- 安全协议并非劳动合同，它无法涵盖劳动合同的全部内容，如工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等。因此，即使签署了安全协议，也不能免除用人单位与劳动者签订书面劳动合同的法定义务。
二、未签劳动合同的法律后果
双倍工资赔偿：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这意味着，如果仅签署了安全协议而未签劳动合同，用人单位可能面临支付双倍工资的风险。
劳动关系认定：
- 在未签劳动合同的情况下，劳动关系的认定可能变得复杂。虽然安全协议可以作为证明劳动关系存在的辅助证据，但通常还需要结合其他证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录等，来综合判断。
三、建议与措施
及时补签劳动合同：
- 无论是用人单位还是劳动者，都应认识到签订书面劳动合同的重要性。如果尚未签订，应尽快补签，以明确双方的权利和义务，避免不必要的法律纠纷。
完善安全协议内容：
- 虽然安全协议无法替代劳动合同，但可以作为劳动合同的补充。双方可以在安全协议中进一步明确工作安全规范、事故处理机制等内容，以增强协议的实用性和约束力。
保留相关证据：
- 在未签劳动合同的情况下，双方都应保留好与工作相关的证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录、安全协议等。这些证据在发生劳动争议时可能起到关键作用。
总结与展望：劳动合同未签但工作中签署了安全协议，该协议在特定条件下具有一定法律效力，但无法完全替代劳动合同。双方应认识到签订书面劳动合同的重要性，并及时补签以明确权利义务。同时，可以完善安全协议内容并保留好相关证据，以应对可能发生的劳动争议。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。