针对您提出的“商铺擅自加建夹层，什么部门处理以及如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、处理部门
商铺擅自加建夹层的行为，主要涉及到城市规划和建设管理的法律法规。根据相关规定，这类违规行为应由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门（如市自然资源和规划局或其下属的城乡规划分局）负责处理。在某些地区，城市管理综合行政执法队也可能参与此类违规行为的查处工作。
二、处理方式
对于商铺擅自加建夹层的行为，城乡规划主管部门或相关执法部门通常会采取以下处理措施：
责令停止建设：一旦发现商铺存在擅自加建夹层的行为，相关部门会立即发出停止建设通知书，要求商铺立即停止违规建设行为。
限期改正：对于尚可采取改正措施消除对规划实施影响的违规行为，相关部门会责令商铺在规定期限内进行改正，如拆除擅自加建的夹层部分，恢复原状。
罚款：根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，对于未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的行为，相关部门可以处以建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。
限期拆除或没收：对于无法采取改正措施消除影响的违规行为，相关部门会责令商铺在规定期限内自行拆除擅自加建的夹层部分。如果商铺未在规定期限内拆除，相关部门可以依法进行强制拆除，或者没收实物及违法收入，并可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
三、实际案例
以某县住建局联合有关部门对违规加层经营性自建房进行整治的行动为例，执法部门对居民擅自加层未经建设工程规划许可的经营性自建房，依法责令停工整改，并明确了整改措施和整改时限。这一行动有效遏制了城区内自建房违建行为，增强了人民群众的安全意识，保障了人民群众生命财产安全。
综上所述，商铺擅自加建夹层的行为应由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门负责处理，处理方式包括责令停止建设、限期改正、罚款以及限期拆除或没收等。希望这些信息能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。