村书记占用村里废弃的学校，如果未经合法程序批准，则是违法的。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
一. 土地及建筑物的权属
- 村集体财产：村里的废弃学校通常属于村集体的财产，其使用权和处置权应归村集体所有。
- 不得私自占用：根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规，任何单位和个人不得私自占用、转让或改变村集体土地及建筑物的用途。
二. 村书记的行为性质
- 公权力与私权利：村书记作为村里的领导，其行使的是公权力，但并不能因此获得对村集体财产的私自占有和使用权。
- 需经合法程序：如果村书记想要使用或处置村里的废弃学校，必须经过村集体的同意，并按照相关法律法规进行申报和审批。
三. 法律后果
- 恢复原状：如果村书记未经批准私自占用了村里的废弃学校，村集体有权要求其恢复原状，即归还被占用的土地和建筑物。
- 赔偿责任：如果因村书记的占用行为给村集体造成了损失，村书记还应承担相应的赔偿责任。
综上所述，村书记占用村里废弃的学校，如果未经合法程序批准，是违法的。我建议村集体应及时与村书记沟通，要求其停止占用行为，并尽快恢复废弃学校的原状。如果沟通无果，村集体可以向相关部门举报或寻求法律援助，以维护自身的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。