迟到两次没工资还扣钱，是否违法需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、规章制度合法性与合理性是关键
规章制度需合法制定并公示：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如劳动报酬、工作时间等）时，必须经过职工代表大会或全体职工的讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。此外，这些规章制度还必须向劳动者进行公示或告知。
- 如果用人单位的规章制度未经上述民主程序制定，或者未向劳动者公示，那么基于这样的规章制度扣减员工工资将是违法的。
扣工资数额需合理：
- 即便用人单位有了合法的规章制度，扣减工资的行为也必须在合理的范围内进行。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者个人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可以要求其赔偿，但扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 对于仅仅是迟到而未给单位造成实际经济损失的情况，如果扣除了较大比例的工资（如当天甚至几天的工资），这显然是不合理的，也属于违法行为。
二、合法合规的规章制度下扣工资可能合法
- 如果用人单位的规章制度是经过合法程序制定，内容合法且不违反公序良俗，并已向劳动者进行了公示或告知，同时关于迟到扣工资的规定也是合理的（如规定迟到一次扣除适当金额，且不会对劳动者的基本生活造成严重影响），那么在这种情况下，用人单位根据规章制度对迟到员工扣减工资就是合法的。
三、用人单位无权随意扣工资
- 用人单位并非绝对没有权利扣除员工工资，但需符合法律规定情形，如代扣代缴法定费用（个人所得税、社会保险费用等）、因员工本人原因给单位造成经济损失的赔偿等。
- 除此之外，用人单位没有权利随意扣除员工工资。若用人单位违法扣除工资，员工有权向劳动监察部门投诉，或通过劳动仲裁等法定途径维护自身合法权益。
四、建议与总结
- 劳动者角度：在入职前务必仔细了解用人单位的规章制度，特别是关于劳动报酬和考勤管理的部分。在遇到扣工资问题时，也应及时咨询专业律师（即我本人，陈东京律师，专注于离婚、遗产继承、刑事辩护、律师会见、民间借贷、劳动纠纷领域），以维护自己的合法权益。
- 用人单位角度：应确保自己的规章制度符合法律法规的要求，避免因此引发不必要的劳动纠纷。在制定和执行规章制度时，应充分考虑其合法性和合理性，确保不会侵犯劳动者的合法权益。
综上所述，迟到两次没工资还扣钱是否违法，并不能一概而论，而是需要综合考虑用人单位的规章制度是否合法、合规，以及扣减工资的行为是否合理。如果您遇到此类问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。