结论前置：迟到一两分钟扣半天工资是否违法，需结合公司规章制度、劳动者行为及法律规定综合判断。若公司无明确合法规章制度支持或扣罚过重，则此行为很可能违法。
法律依据与分析
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保护劳动者劳动报酬权益的基本法律原则，迟到一两分钟并不构成无故拖欠或克扣工资的合法理由。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准。迟到一两分钟通常不会给公司造成直接经济损失，且扣半天工资远超当月工资的20%，因此这一扣罚行为很可能违法。
公司规章制度的合法性：
- 公司必须有明确、合理且合法的规章制度，该制度需经过民主程序制定并向员工公示或告知。若规章制度中规定了迟到扣半天工资的内容，但未经民主程序制定或未向员工公示，则该制度不具有法律效力，公司不能依此执行扣罚。
- 即便规章制度合法，其内容也必须合理。迟到一两分钟扣半天工资，在多数情况下很难被认定为合理适度，因此这一扣罚行为也可能因处罚过重而被认定为违法。
具体分析
迟到行为的性质与后果：
- 迟到一两分钟通常只是短暂影响工作时间，并未给公司造成直接经济损失。因此，公司以迟到为由扣半天工资缺乏法律依据。
- 若员工迟到确实给公司造成了经济损失（如因迟到导致客户流失、生产中断等），公司扣工资也需遵循法定程序和标准，即扣除部分不得超过当月工资的20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准。
扣罚的合理性：
- 即便公司有合法规章制度支持扣罚，扣半天工资也可能因处罚过重而被认定为不合理。公司应确保处罚措施的合理性，避免过度惩罚劳动者。
劳动者的权益保护：
- 若劳动者认为公司扣工资行为不合理或违法，可首先与公司协商解决。
- 协商不成时，劳动者可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，劳动者应保留好相关证据（如劳动合同、规章制度、工资单、考勤记录等），以便在需要时提供证明。
维权建议
- 与公司协商：首先尝试与公司进行友好协商，表达自己对扣罚行为的不满和异议，寻求合理解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为，劳动监察部门将依法进行调查处理。
- 申请劳动仲裁：若投诉仍未解决问题，可依法向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：迟到一两分钟扣半天工资的行为很可能违法，劳动者在遇到此类情况时应积极维护自己的权益。若有问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。