借条上的起诉法院双方可以自行约定，但需符合法律规定。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，对于合同或其他财产权益纠纷，当事人可以通过书面协议，从被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议存在实际联系地点的法院中，选择管辖法院。这一规定为借条中约定起诉法院提供了法律依据。

二、约定起诉法院的有效性

1. 书面形式：双方必须在借条中以书面形式明确约定管辖法院。口头约定或未在借条中体现的约定，通常不具备法律效力。
2. 实际联系：约定的法院必须与借款争议有实际联系。例如，可以选择被告住所地、合同履行地等与借款行为直接相关的地点作为管辖法院。
3. 不违反专属管辖：约定的管辖法院不能违反专属管辖的规定。例如，不动产纠纷由不动产所在地法院专属管辖，若借条中约定其他法院管辖，则该约定无效。

三、约定起诉法院的好处

1. 明确诉讼法院：在发生纠纷时，双方可以依据借条中的约定，直接向特定法院提起诉讼，避免了因管辖问题而引发的争议。
2. 节省诉讼成本：通过约定起诉法院，债权人可以选择对自己更为便利的法院进行诉讼，从而节省诉讼成本，如交通费、住宿费等。
3. 提高诉讼效率：明确的管辖法院有助于加快诉讼进程，提高诉讼效率。

四、注意事项

1. 合法性审查：在约定起诉法院时，双方应确保约定不违反法律规定，特别是级别管辖和专属管辖的规定。
2. 明确性：约定的管辖法院应具体明确，避免使用模糊或不确定的表述。
3. 书面形式：务必以书面形式在借条中明确约定管辖法院，以确保约定的法律效力。

五、实例说明

假设甲向乙借款并出具借条，借条中约定若发生纠纷由乙住所地法院管辖。后甲未按时还款，乙欲起诉甲。在此情况下，乙可以依据借条中的约定，直接向自己住所地的法院提起诉讼，而无需跑到甲住所地的法院。这样的约定既方便了乙的诉讼，又提高了诉讼效率。

总结来看，借条上的起诉法院双方可以自行约定，但需确保约定符合法律规定，并采用书面形式明确约定。若您在起草借条或遇到借条相关的法律疑惑时，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议。