针对您提出的“门店租户两年没交房租跟物业费，物业公司要起诉房东怎么办”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

一、责任主体的确定

首先，我们需要明确物业费缴纳的责任主体。根据《物业管理条例》第七条，业主（即房东）作为物业服务合同的主体，有义务按时交纳物业服务费用。然而，这一责任并非绝对，因为租赁合同中可能对物业费的承担者有特别约定。

1. 若租赁合同未约定物业费承担者： 在这种情况下，房东作为法律上的责任主体，对建筑物专有部分以外的共有部分享有权利并承担义务，包括物业费的缴纳。因此，若租户未交物业费，物业公司有权起诉房东。

2. 若租赁合同明确约定由租户承担物业费： 当租赁合同中明确约定物业费由租户承担时，租户即成为直接的债务责任人。若租户不按时缴纳物业费，物业公司有权直接起诉租户，而非房东。

二、房东的应对策略

1. 核查租赁合同： 房东应首先核查租赁合同，明确其中关于物业费承担者的约定。若合同中明确约定由租户承担物业费，而租户未履行缴纳义务，房东可要求租户承担相应责任。

2. 与租户协商： 在出现物业费拖欠情况时，房东可尝试与租户进行友好协商，了解租户未交物业费的原因，并寻求解决方案。例如，可以协商分期缴纳、减免部分费用等。

3. 收集证据： 若协商无果，房东应收集相关证据以支持自己的主张。这些证据包括但不限于租赁合同、物业费账单、催缴通知等。这些证据将在后续的法律纠纷中起到关键作用。

4. 法律途径： 在协商不成且证据充分的情况下，房东可选择通过法律途径维护自身权益。根据租赁合同的具体约定和法律法规，房东可以确定合适的起诉对象（可能是租户或物业公司，具体取决于合同条款和实际情况），并依法向法院提起诉讼。

三、法律建议与实际操作

1. 保持冷静与理性： 在处理此类纠纷时，房东应保持冷静与理性，避免情绪化决策。通过合法途径解决问题是维护自身权益的最佳方式。

2. 寻求专业法律帮助： 若房东对法律程序不熟悉或担心自身权益无法得到充分保障，可以寻求专业律师的帮助。律师将提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助房东更好地维护自身权益。

综上所述，针对门店租户两年没交房租跟物业费的情况，物业公司起诉房东是否合理需根据租赁合同的具体约定及法律法规来判断。在实际操作中，房东应核查租赁合同、与租户协商、收集证据，并在必要时通过法律途径维护自身权益。