针对您提出的“合同在事实上已经不能履行，诉讼时效如何起算”的问题，以下是我根据相关法律法规及司法实践给出的详细解答：
一、诉讼时效的基本规定
首先，我们需要明确诉讼时效的基本框架。根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年，这一规定为诉讼时效的计算提供了基础。
二、合同未履行时诉讼时效的起算点
当合同在事实上已经不能履行时，诉讼时效的起算点需根据合同的具体情况来确定：
约定履行期限的合同：
- 如果合同中明确约定了履行期限，且因某种原因（如对方违约、不可抗力等）导致合同无法履行，那么诉讼时效通常从该履行期限届满之日的次日开始计算。例如，若合同约定某方应在2024年6月1日前完成某项义务，但因对方原因未能履行，则诉讼时效从2024年6月2日起算。
未约定履行期限或约定不明的合同：
- 对于未约定履行期限或约定不明的合同，诉讼时效的起算点相对复杂。根据《民法典》第五百一十一条的规定，若根据交易习惯或债权人要求可以确定一个合理期限，则诉讼时效从这个宽限期届满之日起计算。
- 若无法确定履行期限，则诉讼时效从债权人第一次向债务人主张权利并给予其必要的准备时间后，若债务人仍未履行，则从该宽限期或准备时间届满的次日起算。若债务人在债权人首次主张时即明确表示不履行，则诉讼时效从明确表示不履行之日起算。
分期履行的合同：
- 对于分期履行的合同，每一期的履行都可能构成独立的债权。因此，如果某一期未能履行，诉讼时效期间可能从该期履行期限届满之日起分别计算。
三、特殊情况下的诉讼时效
- 诉讼时效的中止：在诉讼时效期间内，如果因不可抗力、无民事行为能力人没有法定代理人等法定事由，导致权利人无法行使请求权的，诉讼时效会中止。待中止事由消除后，诉讼时效期间继续计算。
- 诉讼时效的中断：若在诉讼时效期间内，权利人提起诉讼、申请仲裁或向义务人提出履行请求等，诉讼时效会中断并重新计算。
四、结论与建议
合同在事实上已经不能履行时，诉讼时效的起算点需根据合同的具体情况、是否约定履行期限、是否分期履行以及是否存在诉讼时效中止、中断的情形来确定。在实际操作中，我建议您：
- 仔细审查合同条款，明确合同是否约定了履行期限以及具体的履行方式。
- 在合同无法履行时，及时与对方沟通并保留相关证据，如书面通知、聊天记录等。
- 若对方拒绝履行或无法联系，考虑在诉讼时效期间内提起诉讼或申请仲裁以维护自身权益。
- 在必要时咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助，确保自身权益得到有效保护。
希望以上解答能够对您有所帮助。如有任何进一步的问题或疑虑，请随时向我提问。