虚开发票行为一旦被法官在司法程序中查实，相关违法线索通常会依法移交税务机关处理。以下是具体分析：

1. 司法与税务的联动机制
   根据《税收征收管理法》及《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件规定》，法院在审理案件过程中发现纳税人存在虚开发票等税收违法行为时，若认为该行为可能违反税收法律法规，会通过司法建议书或案件移送函的形式，将线索移交主管税务机关。税务机关收到线索后，将启动税务稽查程序，对涉案企业的发票开具、资金流向、合同真实性等进行全面核查。

2. 虚开发票的法律后果

   • 行政责任：税务机关可依据《发票管理办法》对虚开发票行为处以罚款（最高10万元），并没收违法所得；情节严重的，可能被纳入税收违法“黑名单”，面临联合惩戒。
     
   • 刑事责任：若虚开发票金额较大（如虚开税款数额1万元以上），可能构成《刑法》第205条规定的虚开增值税专用发票罪，最高可处无期徒刑，并处罚金或没收财产。
     
   • 司法程序中的连带处理：在民事或刑事案件中，若虚开发票行为被认定为逃避纳税义务的手段，法院可能直接在判决中责令补缴税款及滞纳金，同时将违法线索移交税务机关。

3. 实务中的典型场景

   • 民事纠纷中的税务审查：例如合同纠纷中，一方提供虚开发票作为付款凭证，法院在审查证据真实性时发现发票异常，可能暂停案件审理，将线索移交税务机关核查发票合法性。
     
   • 刑事案件中的税务介入：在非法经营、诈骗等案件中，若虚开发票是犯罪手段之一（如虚增成本骗取贷款），法院在定罪量刑时会明确要求税务机关配合调查发票流向，并作为量刑依据。
     
   • 企业破产程序中的税务追责：企业破产时，管理人需对历史财务进行审计，若发现虚开发票行为，法院会指导管理人向税务机关报告，并可能将相关责任人列入破产程序中的失信名单。

建议：若您或企业涉及发票管理问题，应立即自查发票真实性、业务实质与资金流向的一致性。如已收到税务机关的核查通知，需在15日内提供完整业务合同、付款凭证等材料，避免被认定为“故意虚开”。如有具体案件或风险，可直接向我咨询，我将结合司法实践与税务政策为您制定应对方案。