结论：车是否会被法院返还给负债人，取决于多个因素，包括协商结果是否得到法院确认、款项是否已实际支付、以及是否满足法律规定的解除扣押条件等。以下是对此问题的详细分析：

一、协商结果需得到法院确认

1. 协商的合法性：债权人和负债人之间的协商，若希望产生法律效力，必须得到法院的确认。这是因为法院扣押车辆是基于法律程序，任何对扣押状态的改变也需遵循法律程序。
2. 法院确认的流程：双方协商后，应将协商结果以书面形式提交给法院，请求法院确认并解除对车辆的扣押。法院会对协商结果进行审查，确认其是否合法、合理，并符合相关法律法规的规定。

二、款项需实际支付并得到法院认可

1. 款项支付：负债人需按照协商结果，实际向债权人支付五万元。款项的支付应有明确的证据，如银行转账记录、收据等。
2. 法院认可：款项支付后，负债人需向法院提供相关证据，证明款项已实际支付。法院会对证据进行审查，确认款项是否已支付，并据此决定是否解除对车辆的扣押。

三、满足法律规定的解除扣押条件

1. 债务清偿：根据相关法律规定，若负债人已清偿全部或部分债务，且债权人同意解除扣押，法院可以解除对车辆的扣押。在此情况下，负债人支付五万元可能被视为部分清偿债务。
2. 提供担保：若负债人无法立即清偿全部债务，但可以提供其他形式的担保（如保证人、抵押物等），且债权人同意接受该担保，法院也可能解除对车辆的扣押。但此情况与用户描述不符，故不作详细讨论。
3. 执行和解：在执行过程中，双方可以达成执行和解协议。若和解协议得到法院确认，并满足相关条件，法院可以解除对车辆的扣押。用户描述的情况可视为一种执行和解的形式。

四、可能存在的法律风险与建议

1. 协商结果未得到法院确认：若双方协商后未得到法院确认，即使负债人已支付款项，法院也可能不会解除对车辆的扣押。因此，务必确保协商结果得到法院确认。
2. 款项支付问题：若负债人未实际支付款项或支付款项后未得到法院认可，法院同样不会解除对车辆的扣押。因此，负债人应保留好款项支付的相关证据。
3. 建议：在协商过程中，建议负债人咨询专业律师，确保协商结果的合法性和有效性。同时，在款项支付后，应及时向法院提供相关证据，请求法院解除对车辆的扣押。

后续行动建议：若您已与债权人协商并支付了五万元，请尽快将协商结果和款项支付证据提交给法院，请求法院确认并解除对车辆的扣押。若在过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。