当员工因违反公司规定被辞退时，其持有的股权处理方式会受到公司章程、股权性质以及相关法律法规的多重影响。以下是对这一问题的详细解答：
一、查看公司章程
首先，需要仔细查阅公司章程，看其中是否对于员工被辞退后股权的回购、转让等事宜有特殊的规定。如果公司章程中有明确规定，那么必须严格按照章程来执行。
二、根据股权性质处理
实股处理：
- 如果员工持有的是实股，且公司章程没有特殊规定，那么公司或其他股东通常拥有优先购买权。
- 鉴于员工是因为存在过错（如违反公司规定）而被辞退，公司可以按照合理的价格（如原始出资额或经过评估后的价值）来回购股权。
- 回购过程应遵循相关法律法规，确保交易的合法性和公平性。
期权处理：
- 如果员工持有的是期权，且还未达到行权条件，公司可以直接取消该期权。
- 如果期权已经达到了行权条件，那么可以参照实股的处理方式，即公司可以按照合理价格回购或允许员工转让给其他符合条件的受让方。
三、遵循法律程序
- 无论股权是实股还是期权，其转让或回购都必须遵循相关的法律程序。例如，实股的转让可能需要经过其他股东过半数的同意等法定程序。
- 在处理股权时，应确保所有交易都符合公司法、证券法等相关法律法规的规定，避免出现法律纠纷。
四、特殊情况考虑
- 如果员工是无过错被辞退，那么股权的处理方式可能会有所不同。例如，员工可能有权自行转让股权给其他股东或第三方，但这同样需要遵循相关的法律程序。
- 对于上市公司而言，员工被辞退后并不一定需要退股，除非公司章程或相关法律法规有特别规定。
五、建议与注意事项
- 在处理被辞退员工的股权时，建议公司咨询专业的法律顾问或律师，以确保所有操作都符合法律法规的要求。
- 同时，公司应与被辞退员工进行充分沟通，明确股权处理的方式和程序，避免出现不必要的误解和纠纷。
综上所述，当员工因违反公司规定被辞退时，其持有的股权处理方式需要综合考虑公司章程、股权性质以及相关法律法规的规定。公司应确保所有操作都合法、公平、透明，以维护公司和员工的合法权益。