核心结论：违章建筑被没收违法收入的计算，需结合违法所得的构成、实际获利情况以及相关法律法规综合判定，具体计算方式需分情况讨论。
违法所得的构成与计算原则
根据《城乡规划法》第六十四条及《行政处罚法》第二十八条，违法收入通常指通过违章建筑直接或间接获得的全部经济利益，包括但不限于：
- 租金收入：若违章建筑被出租，租金全额计入违法所得；
- 转让收入：若违章建筑被转让，转让价款扣除合理成本（如建筑原材料、人工费用等）后的净收益；
- 其他收益：如利用违章建筑开展经营活动产生的利润。
计算原则：以“实际获利”为核心，需扣除合法投入成本，但不得扣除因违法行为产生的费用（如行贿成本）。
不同场景下的计算方式
- 场景一：出租型违章建筑
违法所得=累计租金收入-合理维护成本（如必要修缮费用）。
示例：若违章建筑3年累计收取租金30万元，期间支出修缮费5万元，则违法所得为25万元。
- 场景二：转让型违章建筑
违法所得=转让价款-（建筑原材料成本+合法人工费用）。
示例：若转让价款为50万元，建筑成本为20万元（含合法采购的钢材、水泥等），则违法所得为30万元。
- 场景三：自用型违章建筑
若未产生直接经济收益，但通过节省合法建设成本（如未缴纳土地出让金）获得利益，可能按“节省成本+潜在收益”综合估算。
法律依据与执法实践
- 法律依据：
- 《城乡规划法》第六十四条：未取得建设工程规划许可证的建筑，限期改正处工程造价5%-10%罚款；无法改正的，限期拆除，不能拆除的没收实物或违法收入。
- 《行政处罚法》第二十八条：当事人有违法所得的，应予以没收。
- 执法实践：
实践中，执法部门可能委托第三方机构评估违法所得，或参考市场行情、同类案件判例确定金额。若当事人对计算结果有异议，可申请行政复议或提起行政诉讼。
注意事项
- 证据固定：执法部门需留存租金合同、转账记录、转让协议等证据，确保计算依据充分；
- 合理成本扣除：仅允许扣除与建筑直接相关的合法成本，不得扣除罚款、税费等因违法产生的费用；
- 程序合法性：没收违法收入需遵循《行政处罚法》规定的程序，如告知权利、听证等。
建议：若您涉及此类案件，建议整理相关财务凭证、合同等材料，以便准确核算违法所得。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我将结合证据材料提供进一步分析。