关于“没收违法所得怎么计算”的问题，这是一个涉及法律程序和财务计算的复杂过程。以下是我为您提供的详细解答：
一、违法所得的基本定义
违法所得是指行为人通过违法活动所获得的全部财物及其孳息。这包括直接获得的财物，如现金、商品等，以及因这些财物而产生的收益，如利息、租金等。
二、计算原则
成本扣除原则：
- 在计算违法所得时，通常会扣除为实施违法活动所支付的合理且必要的直接成本。但需注意，对于某些特定非法活动，如非法采矿，其相关成本可能不被认可扣除。
时间跨度原则：
- 对于持续进行的违法活动，应累计计算整个期间内的违法所得。跨年度的违法活动，需根据法律规定和司法实践确定计算起止时间。
三、具体计算方式
商品交易类：
- 若存在进销价，则以销价与进价之差作为违法所得。
- 若是生产加工类，则以生产加工产品的销价与成本价（原材料购进价格）之差作为违法所得。
- 销售非法商品的，销售收入减去直接成本后的净额为违法所得。
服务提供类：
- 通过提供违法服务取得的收入即为违法所得，一般不存在成本扣除问题。
特殊情形：
- 商标侵权案件：非法经营额为其侵权商品的销售收入与库存侵权商品的实际成本（或购买金额）之和，取较高者。
- 侵犯知识产权案件：可通过销售金额减去成本、侵权产品数量乘以单位利润或参考市场上同类合法产品价格及合理利润率来计算。
- 为违法行为提供便利条件的：以全部的违法收入作为违法所得。
孳息计算：
- 违法所得产生的孳息（包括天然孳息和法定孳息）也应一并没收。
资金混同情况：
- 当违法所得与合法资金混同难以区分时，可根据合法与非法业务的大致占比或其他合理方法进行推算。
四、法律依据
- 根据《刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔，并上缴国库。
- 《行政处罚法》等相关法律法规也对没收违法所得的计算和适用作出了具体规定。
五、实际应用中的注意事项
准确界定违法所得：
- 在计算时，需仔细审查案件事实，准确界定哪些收入属于违法所得，避免将合法收入误计入内。
合理扣除成本：
- 对于可扣除的成本部分，应严格遵循法律原则和司法实践，确保扣除的合理性。
全面考虑孳息：
- 不要遗漏违法所得产生的孳息部分，确保没收范围的完整性。
严谨处理复杂情况：
- 对于资金混同、持续违法等复杂情况，应综合运用法律知识和实践经验进行合理处理。
综上所述，没收违法所得的计算是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑多个因素并严格遵循法律法规。在实际操作中，建议咨询专业律师或相关执法机关，以确保计算的准确性和公正性。