股权转让协议中公司名字后边写的分店但未进行工商登记，该协议在符合一定条件下仍然有效。以下从不同角度进行详细分析：

协议有效的法律基础

1. 真实意思表示：股权转让协议的有效性首先取决于当事人的真实意思表示。只要转让方和受让方均出于真实意愿签订协议，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，该协议即具有法律效力。
2. 符合法律规定：协议条款需严格遵守现行法律规定，包括但不限于股权转让的程序、条件、限制等。例如，若公司章程对股权转让有特别规定，则需遵循这些规定。
3. 其他股东同意或默认：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股权转让通常需经过其他股东按照法定流程予以同意或者被认定为已经获得了他们的默认许可。这是保障公司内部稳定和股东权益的重要措施。

未工商登记的影响

1. 对内效力：对于转让方和受让方而言，未进行工商登记并不影响股权转让协议的效力。只要协议满足上述有效条件，双方即应按照协议约定履行各自义务。
2. 对外效力：然而，未进行工商登记的股权转让在对外效力上存在一定限制。根据《中华人民共和国公司法》第三十三条的规定，未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。这意味着，如果转让方或受让方与第三人发生纠纷，且第三人主张权利时，未登记的股权转让可能无法对抗第三人的合法权益。

分店未工商登记的特殊性

在股权转让协议中，如果公司名字后边写的分店但未进行工商登记，这主要涉及到分店的法律地位问题。分店作为公司的一个分支机构或经营场所，其本身并不具备独立的法人资格。因此，分店的股权转让实际上仍然是公司股权的转让。只要公司股权转让协议满足上述有效条件，且分店的经营活动符合公司章程和法律规定，那么该协议在内部仍然是有效的。但同样需要注意的是，未进行工商登记可能影响其对外效力。

法律建议

1. 完善协议条款：在签订股权转让协议时，应明确约定分店的经营状况、股权转让的具体内容、双方的权利义务等，以确保协议的完整性和可执行性。
2. 及时办理工商登记：尽管未进行工商登记不影响协议的内部效力，但为了保障对外效力和避免潜在的法律风险，建议双方在协议签订后及时办理工商登记手续。
3. 咨询专业律师：在涉及股权转让等复杂法律问题时，建议咨询专业律师以获取更全面、准确的法律意见和指导。

综上所述，股权转让协议中公司名字后边写的分店但未进行工商登记，在符合一定条件下仍然有效。但为了保障自身权益和避免潜在的法律风险，建议双方在签订协议时充分考虑各种因素并咨询专业律师。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。