当司机和车主不是同一个人，且发生交通事故后，司机已经赔偿了受害方但保险公司拒赔的情况，我们需要根据相关法律法规和实际情况来仔细分析。
首先，根据《民法典》的相关规定，当机动车发生交通事故造成损害时，如果车主和使用人不是同一人，那么赔偿责任应遵循“使用人担主责，车主过错担次责”的原则。具体来说，机动车使用人（即司机）作为直接驾驶人，通常应承担主要赔偿责任。而车主如果明知车辆存在缺陷、借车人无驾照、借车人酒驾等过错情况，也需要按过错程度分担责任。
现在，我们来看保险公司拒赔的问题。一般来说，保险公司在交强险范围内是有赔付责任的。如果保险公司拒赔，可能是因为以下几个原因：
事故不属于保险责任范围：比如，司机可能涉及酒驾、无证驾驶等违法行为，这些情况下保险公司通常是不赔的。
未履行如实告知义务：车主或司机在投保时可能隐瞒了某些重要信息，导致保险公司对风险评估不足，从而拒赔。
赔偿金额超出保险限额：交强险有一定的赔偿限额，如果事故损失超过这个限额，保险公司可能只赔付限额内的部分。
针对保险公司拒赔的情况，建议采取以下步骤：
仔细查阅保险合同：了解保险条款中关于赔偿范围、免责条款等内容，确保自己的权益不受损害。
与保险公司沟通：向保险公司详细说明事故情况，提供必要的证据材料，争取合理的赔偿。
寻求法律援助：如果与保险公司协商无果，可以寻求专业的法律援助，通过法律途径来维护自己的权益。
综上所述，当司机和车主不是同一个人发生交通事故后，司机赔偿了受害方但保险公司拒赔时，我们需要先明确赔偿责任主体，并仔细分析保险公司拒赔的原因。然后，根据具体情况采取相应的措施来争取合理的赔偿。同时，也提醒广大车主和司机朋友，在借车或驾车时一定要遵守法律法规，确保行车安全。