非法行医因果关系鉴定一般由法院委托法医鉴定机构来进行。以下是对这一问题的详细分析：
一、鉴定委托主体
在非法行医案件中，因果关系的鉴定通常涉及刑事诉讼或民事诉讼。根据诉讼类型的不同，鉴定委托主体也有所区别：
刑事诉讼：在刑事诉讼中，侦查机关（如公安机关）可以依需要委托鉴定机构对非法行医行为及损害后果进行鉴定。同时，当事人（如患者或其家属）也可以申请鉴定，但最终决定权在司法机关。例如，在自诉案件中，自诉人可以申请鉴定。
民事诉讼：在民事诉讼中，当事人可以自行委托鉴定机构进行因果关系鉴定。然而，对方可能对自行委托的鉴定结果提出异议。在这种情况下，法院可能会重新委托鉴定机构进行鉴定，以确保鉴定结果的公正性和准确性。
二、鉴定机构的选择
法医鉴定机构：根据《医疗事故技术鉴定暂行办法》第十三条第(五)项的规定，非法行医造成患者身体健康损害的，医学会不予受理鉴定。因此，在诉讼过程中，如需鉴定，一般由法院委托法医鉴定机构来进行。法医鉴定与医学会鉴定的区别在于，前者不会过分注重疾病本身的参与度问题，而更侧重于行为与结果之间的直接因果关系。
鉴定机构的资质：无论是由侦查机关、法院还是当事人委托鉴定，都应确保鉴定机构具有相应的资质和经验。这有助于保证鉴定结果的科学性和权威性。
三、因果关系认定的要点
在非法行医案件中，因果关系的认定是确定行为人是否应对危害结果承担刑事责任或民事责任的关键。以下是一些认定要点：
行为与结果的直接关联性：需要考察非法行医行为是直接导致了危害结果的发生，还是中间介入了其他因素。如果是直接导致，那么因果关系较为明确；如果存在介入因素，则需要进一步分析介入因素对结果发生的作用大小以及其与非法行医行为的关联程度。
非法行医行为的性质和对结果的作用力：不同性质和程度的非法行医行为对危害结果的作用力不同。一般来说，严重违反医疗操作规程、使用危险方法等具有高度危险性的非法行医行为，更有可能被认定为与危害结果有直接的因果关系。
被害人自身因素的考量：被害人的特殊体质、病情严重程度等因素也可能影响因果关系的认定。如果被害人自身的特殊情况是导致危害结果发生的主要原因，那么可能会减轻或免除非法行医者的责任。
四、建议与措施
严格筛选鉴定机构：侦查机关、法院或当事人在委托鉴定时，应严格筛选有资质的鉴定机构，确保鉴定结果的科学性和权威性。
公正处理鉴定结果：对于当事人申请的鉴定，司法机关应根据案件具体情况，公正、合理地决定是否准许。在民事诉讼中，若一方对自行委托的鉴定结果有异议，法院应遵循法定程序重新委托鉴定，以保障司法公平。
加强法律意识：患者和家属应提高法律意识，在知晓权益受侵害时及时报案，并寻求专业法律帮助，以维护自身合法权益。
如果您在非法行医因果关系鉴定方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。