关于针灸医师能否上门出诊合法的问题，这主要涉及到医师外出会诊的相关规定。根据2005年卫生部发布的《医师外出会诊管理暂行规定》，我们可以对此问题进行详细分析。

首先，该规定明确指出，医师外出会诊是指医师经所在医疗机构批准，为其他医疗机构特定的患者开展执业范围内的诊疗活动。这意味着，如果针灸医师想要上门出诊，必须得到其所在医疗机构的正式批准，并且这种出诊行为应当是针对特定患者的，且在其执业范围内进行。

其次，规定中还强调了医师未经所在医疗机构批准，不得擅自外出会诊。这是为了保障医疗质量和医疗安全，防止医师因个人行为而引发的医疗纠纷或事故。因此，如果针灸医师未经批准擅自上门出诊，那么这种行为将是不合法的。

再者，从实际操作的角度来看，上门出诊可能涉及到医疗环境的评估、医疗设备的携带与使用、以及医疗风险的防控等多个方面。这些都需要医疗机构进行充分的准备和安排，以确保出诊过程的顺利进行和患者的安全。

最后，虽然《医师外出会诊管理暂行规定》并未直接提及“上门出诊”这一具体行为，但我们可以从其规定的精神和原则中推断出，针灸医师上门出诊在得到医疗机构批准且符合相关规定的情况下，是可以合法进行的。然而，如果未经批准或违反相关规定进行上门出诊，那么这种行为将可能面临法律责任和医疗纠纷的风险。

综上所述，针灸医师能否上门出诊合法，关键在于是否得到了其所在医疗机构的正式批准，并且是否在其执业范围内进行。为了保障医疗质量和医疗安全，建议针灸医师在上门出诊前务必与医疗机构进行充分沟通和确认。