全科医生进行针灸活动是否合法，这主要取决于其是否具备相应的资质和是否在合法的医疗机构内进行。

首先，我们需要明确的是，针灸作为一种中医诊疗技术，其操作需要专业的中医知识和技能，并且必须在符合法律法规的医疗机构内进行。根据国家中医药管理局办公室和国家卫生和计划生育委员会办公厅的相关批复，中医诊疗活动是以疾病诊断和治疗为目的，在中医理论指导下通过各种检查，使用药物、技术、器械及手术等方法进行的。这其中包括了针灸等具有创伤性、侵入性的技术方法。

对于全科医生而言，如果他们已经取得了中医执业资格，并且在合法的医疗机构内注册执业，那么他们进行针灸活动是合法的。这是因为全科医生在接受医学教育时，也会涉及到中医基础知识和技能的学习，如果他们进一步取得了中医执业资格，就具备了进行针灸等中医诊疗活动的专业能力。

然而，如果全科医生没有取得中医执业资格，或者在没有取得《中医诊所备案证》的机构内进行针灸活动，那么这就是违法的。根据《中医诊所备案管理暂行办法》等相关法律法规，未经备案擅自开展中医医疗技术从事诊疗活动，将受到法律的处罚，包括罚款、没收违法所得，甚至可能被责令停止执业活动。

此外，还需要注意的是，非医疗机构及其人员在经营活动中不得使用针刺等具有创伤性、侵入性的技术方法。这意味着，如果全科医生在非医疗机构（如养生馆、美容院等）内进行针灸活动，也是违法的。

综上所述，全科医生进行针灸活动是否合法，取决于其是否具备中医执业资格、是否在合法的医疗机构内注册执业，以及是否遵守了相关的法律法规。因此，如果您是全科医生并打算进行针灸活动，建议您先确认自己的资质和执业环境是否符合法律法规的要求。如果您是患者并打算接受针灸治疗，也建议您选择具有合法资质的医疗机构和医生进行治疗。