结论：在符合法定条件的情况下，即使股权登记在他人名下，若实际权益归属于被起诉人，法院仍可能根据实际情况冻结该股权。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律程序与条件

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，利害关系人因情况紧急，不立即申请保全将会使其合法权益受到难以弥补的损害的，可以在提起诉讼或者申请仲裁前向被保全财产所在地、被申请人住所地或者对案件有管辖权的人民法院申请采取保全措施，这包括冻结股权。关键在于证明股权的实际权益归属：

1. 实际权益证明：若股权虽登记在他人名下，但能通过协议、出资证明、股东会决议等证据证明实际权益归属于被起诉人，法院在审查后可能裁定冻结。
2. 紧急情况：需证明不立即冻结将导致合法权益受损，如股权可能被转让、隐匿等。
3. 担保与期限：申请人需提供担保，并在法定期限内（通常为30日）提起诉讼或申请仲裁，否则保全措施将被解除。

二、实际操作中的挑战

1. 权益归属的证明难度：股权登记具有公示效力，若名义股东与实际权益人不一致，需充分证据证明实际权益归属，这可能涉及复杂的法律分析。
2. 第三人权益保护：若名义股东为善意第三人，且对股权登记无过错，法院可能考虑保护其权益，拒绝冻结。
3. 执行难度：即使法院裁定冻结，若名义股东不配合，执行过程中可能面临障碍。

三、法律建议

1. 收集证据：在申请冻结前，务必收集充分证据证明股权的实际权益归属，如出资协议、代持协议、股东会决议等。
2. 咨询专业律师：股权冻结涉及复杂的法律程序和证据规则，建议咨询专业律师，确保申请合法有效。
3. 考虑替代方案：若直接冻结股权存在困难，可考虑申请冻结被起诉人的其他财产，如银行账户、房产等，以确保判决能够执行。

四、可能的法律后果

1. 保全错误赔偿：若保全申请有误，导致名义股东或其他第三人遭受损失，申请人需承担赔偿责任。
2. 执行障碍：若股权冻结后，名义股东不配合执行，可能导致执行程序延长或无法执行。

总结来说，虽然股权登记在他人名下，但在符合法定条件且能证明实际权益归属的情况下，法院仍可能冻结该股权。然而，这一过程涉及复杂的法律程序和证据规则，建议在实际操作前咨询专业律师，以确保申请合法有效并降低风险。如有进一步疑问或需要具体法律帮助，请随时向我咨询。