结论前置：工厂因生产原料过期问题处罚员工是否违法，需根据具体情况判断。一般情况下，若工厂未经法定程序或合同约定擅自对员工罚款，则是不合法的。

法律分析

一、工厂罚款的合法性基础

1. 法律依据缺失：根据我国现行劳动法律法规，如《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位并无直接对员工进行罚款的法律权力。因此，除非有特别规定或合同约定，否则工厂不得随意对员工进行罚款。

2. 劳动关系本质：劳动关系是劳动者与用人单位基于合同产生的权利义务关系。员工按要求提供劳动，用人单位支付报酬。生产原料过期导致的问题，往往涉及原材料采购、储存、管理等多个环节，不能简单归咎于员工并罚款。

二、规章制度的有效性

1. 程序要求：若工厂制定了关于生产原料过期等问题的罚款规章制度，该制度必须经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，且需公示或告知劳动者，方具法律效力。未经此程序制定的规章制度，对员工不具有约束力。

2. 实体要求：规章制度内容不得违反法律法规，应公平合理。罚款数额过高或显失公平的条款将无效。例如，因轻微疏忽导致原料过期被高额罚款，这种规定可能因不公平而无效。

三、员工责任与赔偿

1. 有限责任：员工通常只对工作过程中因故意或严重失职导致的原料过期等问题承担责任。若能证明是员工故意或重大过失造成经济损失，工厂可根据《工资支付暂行规定》第十六条要求员工赔偿，但扣除部分不得超过月工资的20%，且不得低于当地最低工资标准。

2. 赔偿约定：工厂与员工可在劳动合同中约定因员工原因造成经济损失的赔偿责任，但该约定也需符合法律法规的要求，不得显失公平。

四、科学管理建议

面对生产原料过期等问题，工厂应采取更科学和合理的管理方式：

• 加强原材料采购、储存、管理流程的质量控制；
• 定期对原材料进行检验，确保原料质量；
• 提高员工对原材料管理的培训和教育；
• 通过合理调查和分析确定责任，采取适当措施纠正和改进。

可能的法律后果

若工厂未经法定程序或合同约定擅自对员工罚款，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求工厂返还罚款并可能获得相应的赔偿。同时，工厂还可能面临劳动监察部门的处罚。

建议

1. 审查规章制度：工厂应审查其关于生产原料过期等问题的罚款规章制度，确保其符合法律法规的要求，并经过法定程序制定和公示。

2. 加强沟通与培训：工厂应加强与员工的沟通，明确员工在原材料管理中的责任和义务，并提供必要的培训和教育，提高员工的质量意识和责任心。

3. 依法处理问题：若确实因员工故意或重大过失导致原料过期等问题，工厂应依法依约要求员工赔偿，并确保赔偿数额合理、合法。

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