公司拖欠员工工资，员工可以向以下部门进行申诉：
劳动监察部门：
- 这是较为直接且便捷的方式。员工可携带本人身份证件、劳动合同、工资条等能证明劳动关系和工资拖欠事实的材料，到当地劳动监察大队投诉。
- 劳动监察部门有权对用人单位进行调查，若查证属实，会责令用人单位限期支付工资。若逾期不支付，员工还可要求用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准加付赔偿金。
劳动争议仲裁委员会：
- 若员工与用人单位之间存在劳动争议，如工资拖欠等，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 申请时需提交仲裁申请书、身份证明、劳动关系证明等材料。仲裁委员会会根据双方提供的证据进行审理，并作出裁决。仲裁裁决具有法律效力，若用人单位不履行，员工可向法院申请强制执行。
人民法院：
- 若员工对仲裁结果不服，可在规定时间内向人民法院提起诉讼。
- 员工也可直接持用人单位出具的工资欠条等债权凭证，按普通民事纠纷向法院起诉。法院会根据具体情况作出判决，保障员工的合法权益。
在申诉过程中，员工需要注意以下几点：
- 准备充分的证据：如劳动合同、工资条、考勤记录、工作证等能证明劳动关系和工资拖欠事实的材料。这些证据将有助于支持员工的申诉请求。
- 注意申诉时效：员工应在知道或应当知道权利被侵害之日起一定期限内（通常为一年）提出申诉，避免因超出规定时间而影响权益。
- 选择合适的申诉途径：根据自身实际情况和案件性质，员工可以选择向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或向法院起诉等途径来维护自己的合法权益。
如果员工不确定如何选择申诉途径或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据员工的实际情况和案件性质，提供有针对性的法律建议和帮助。