当强制执行已经完毕，而申请人又提出异议时，整个处理流程会遵循法律规定的程序进行。以下是对这一情况的详细解答：
一、异议的提出与形式审查
异议的提出：
- 申请人（或被执行人，在此情境下特指申请人提出异议的情况）有权在执行过程中或执行完毕后，对执行行为或执行标的提出异议。
- 异议应当以书面形式提出，并明确说明异议的理由和依据。
形式审查：
- 法院在收到异议书后，会首先进行形式审查。
- 形式审查主要检查异议书的格式、内容填写是否完整，是否符合法定形式要求。
- 如果异议书存在格式瑕疵或内容不完整，法院会要求异议人进行修改或补充。
二、实质审查与裁定
实质审查：
- 形式审查通过后，法院会进入实质审查阶段。
- 实质审查时，法院会深入审查异议的理由和依据，可能要求异议人提供相关证据来支撑其主张。
- 例如，若异议涉及执行标的有误，法院会要求异议人拿出能证明该标的真实情况的证据。
裁定：
- 根据实质审查的结果，法院会作出裁定。
- 如果异议成立，法院有可能裁定中止执行（即暂停当前的执行行为）或撤销执行行为。
- 如果异议不成立，法院则会裁定驳回异议。
三、当事人的配合与救济途径
当事人的配合：
- 在整个审查过程中，当事人需要积极配合法院的工作。
- 当事人需提供准确、完整的信息和证据，以便法院能够全面、公正地进行审查。
救济途径：
- 如果当事人对法院的裁定不服，可以通过向上一级法院申请复议等途径来寻求救济。
- 复议申请需要在规定的时间内提出，并附上相关证据和理由。
四、具体案例与注意事项
具体案例：
- 假设在一个债务纠纷案件中，法院已经判决并完成了强制执行。但之后，申请人发现执行标的有误或执行行为存在其他问题，于是向法院提出异议。
- 法院会按照上述程序进行审查，并根据审查结果作出相应的裁定。
注意事项：
- 提出异议是当事人维护自身合法权益的一种方式，但必须符合法律规定的程序和条件。
- 异议应当在规定的时间内提出，且理由和证据都要合理合法。
- 当事人应当积极配合法院的审查工作，提供必要的证据和信息。
综上所述，当强制执行已完毕而申请人又提出异议时，法院会按照法律规定的程序进行审查，并根据审查结果作出相应的裁定。当事人应当积极配合法院的工作，并在必要时通过救济途径来维护自己的合法权益。