庭长无权擅自扣留证据，若遇到此类情况，可按以下方式处理：

1. 明确法律依据
   根据《刑事诉讼法》第五十二条及《民事诉讼法》第六十七条，证据应当由司法机关依法收集、固定和保管，任何单位或个人不得私自扣留、隐匿或销毁。庭长作为司法工作人员，若违反程序扣留证据，可能涉嫌滥用职权或妨碍诉讼，需承担法律责任。

2. 分情况处理建议

   • 若庭长以“程序瑕疵”为由暂扣证据：
     要求其出具书面说明（如《证据暂扣通知书》），明确扣留理由、期限及法律依据。若理由不成立（如证据合法且与案件直接相关），可向上级法院或同级检察院提出书面异议，要求监督纠正。
     
   • 若庭长无正当理由扣留证据：
     立即向法院监察部门或上级法院纪检组举报，同时可向检察院申请立案监督。若证据涉及当事人核心权益（如定罪量刑的关键证据），可申请法院启动证据排除程序，要求庭长承担程序违法责任。
     
   • 若庭长涉嫌伪造、篡改证据：
     直接向公安机关报案，控告其涉嫌“帮助毁灭、伪造证据罪”（刑法第三百零七条），同时保留证据原件或申请法院调取监控、笔录等佐证材料。

3. 关键行动步骤

   • 固定证据：对庭长扣留证据的行为进行录音、录像或书面记录，留存沟通记录。
     
   • 书面催告：通过律师向法院提交《证据返还申请书》，明确要求限期返还并说明法律后果。
     
   • 外部监督：同步向当地政法委、人大法工委或媒体（谨慎选择）反映情况，形成舆论压力。

提示：司法实践中，庭长个人无权决定证据效力，其行为可能代表法院内部意见。若协商无果，建议通过正式法律程序（如申请复议、提起上诉）解决，避免直接冲突。如有具体证据类型或案件阶段（如一审、二审），可进一步说明，我会提供更精准的操作方案。