结论：非法营运发生交通事故且承担主要责任，造成乘客脾切除的情况，是否构成刑事案件，需结合具体情节判断，可能构成交通肇事罪，但并非绝对。以下从不同角度详细分析：

1. 交通肇事罪的构成要件

根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条，交通肇事罪需满足以下条件：

• 行为要件：违反交通运输管理法规（如非法营运、超速、酒驾等）；
• 结果要件：发生重大事故，致人重伤、死亡或使公私财产遭受重大损失；
• 因果关系：行为与结果之间存在直接因果关系。

关键点：脾切除属于重伤范畴（依据《人体损伤程度鉴定标准》），若非法营运行为与事故存在直接因果关系，且驾驶员承担主要责任，则可能构成交通肇事罪。

2. 非法营运的定性影响

非法营运本身属于行政违法行为（违反《道路运输条例》），但单独不构成刑事犯罪。然而，若非法营运过程中发生事故，且驾驶员存在以下情形之一，可能升级为刑事案件：

• 主观过错：如故意违规驾驶（酒驾、毒驾、严重超速等）；
• 客观危害：事故导致严重后果（如重伤、死亡或重大财产损失）；
• 责任比例：驾驶员承担主要或全部责任。

案例参考：若驾驶员因非法营运未接受安全培训，导致操作失误引发事故，且承担主责，可能被认定为“过失犯罪”。

3. 刑事与民事责任的区分

• 刑事责任：若构成交通肇事罪，驾驶员可能面临3年以下有期徒刑或拘役；若逃逸或有其他恶劣情节，刑期可升至3-7年或7年以上。
• 民事责任：无论是否构成刑事犯罪，驾驶员均需承担民事赔偿责任，包括医疗费、误工费、残疾赔偿金等（依据《民法典》侵权责任编）。

4. 不构成刑事案件的情形

若事故由乘客自身行为引发（如故意干扰驾驶），或驾驶员虽承担主责但情节轻微（如轻微超速未造成严重后果），则可能仅涉及行政处罚（罚款、扣分等）和民事赔偿，不构成刑事案件。

法律建议

1. 立即报警并保护现场：由交警部门出具事故责任认定书，明确责任比例；
2. 配合调查：如实陈述非法营运事实，但避免自认犯罪；
3. 协商赔偿：与乘客协商民事赔偿，尽量达成和解以减轻刑事责任风险；
4. 咨询专业律师：若收到刑事立案通知，需尽快委托律师介入，争取从轻或减轻处罚。

温馨提示：非法营运不仅面临行政处罚，更可能因事故升级为刑事案件。建议驾驶员严格遵守交通法规，避免因小失大。如有进一步疑问，可直接向我咨询。