非法营运发生重大事故，在符合一定条件下，可以定重大责任事故罪，但更常见的是以交通肇事罪论处。以下从不同角度进行分析：

1. 法律条款依据：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条，违反交通运输管理法规，因而发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，构成交通肇事罪，处三年以下有期徒刑或者拘役；交通运输肇事后逃逸或者有其他特别恶劣情节的，处三年以上七年以下有期徒刑；因逃逸致人死亡的，处七年以上有期徒刑。非法营运行为本身违反了交通运输管理法规，若因此发生重大事故，符合交通肇事罪的构成要件。
   • 重大责任事故罪通常指的是在生产、作业中违反有关安全管理的规定，因而发生重大伤亡事故或者造成其他严重后果的行为。虽然非法营运不属于典型的“生产、作业”范畴，但如果非法营运行为被认定为一种“作业”活动，且该活动中违反了安全管理规定导致重大事故，理论上也有可能构成重大责任事故罪。然而，在司法实践中，非法营运导致的重大事故更倾向于被认定为交通肇事罪，因为非法营运直接违反了交通运输管理法规，与交通事故的发生有更直接的因果关系。

2. 司法实践角度：

   • 在司法实践中，非法营运发生重大事故，通常会被认定为交通肇事罪。这是因为非法营运行为本身就具有违法性，且该行为直接导致了交通事故的发生，造成了严重后果。法院在判决时，会综合考虑事故的具体情况、非法营运的违法程度、行为人的主观过错等因素，来确定具体的刑罚。
   • 如果非法营运行为中还存在其他严重违法情节，如超载、超速、酒驾等，这些情节可能会加重行为人的刑事责任。同时，如果行为人在事故发生后逃逸或者有其他特别恶劣情节，也会面临更严厉的刑事处罚。

3. 法律建议：

   • 对于非法营运者来说，应当严格遵守交通运输管理法规，不得从事非法营运活动。一旦发生交通事故，应当立即报警并保护现场，积极配合调查处理，承担相应的法律责任。
   • 如果行为人因非法营运发生重大事故被追究刑事责任，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。律师可以根据具体情况，为行为人提供法律辩护和诉讼代理服务，争取从轻或减轻处罚。

总结来说，非法营运发生重大事故，在司法实践中更倾向于被认定为交通肇事罪。然而，在特定情况下，如果非法营运行为被认定为一种“作业”活动且违反了安全管理规定导致重大事故，也有可能构成重大责任事故罪。无论如何，非法营运都是违法的，且存在极大的安全隐患和法律风险。因此，建议广大驾驶员严格遵守交通运输管理法规，不得从事非法营运活动。如有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。