被合并公司在有在建项目的情况下，其法律处理方式主要取决于合并的类型（吸收合并或新设合并）以及合并协议中的具体约定。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、合并类型对在建项目的影响
吸收合并：
- 在吸收合并中，被合并公司解散，其资产、负债和在建项目通常由合并后存续的公司承继。
- 法律处理：存续公司应继续履行被合并公司在建项目的相关合同，包括但不限于施工合同、采购合同等，并承担相应的权利和义务。
- 注意事项：存续公司需对在建项目进行全面评估，包括项目进度、质量、成本等，以确保项目能够顺利完成。
新设合并：
- 在新设合并中，被合并公司和合并方均解散，共同设立一个新的公司。
- 法律处理：新设立的公司应承继被合并公司在建项目的相关权利和义务。这通常需要在合并协议中明确约定，并办理相关的项目转让手续。
- 注意事项：新设立的公司需重新办理在建项目的相关审批手续，如施工许可证等，并确保项目符合新的公司战略和规划。
二、合并协议中的约定
- 项目转让条款：合并协议中应明确约定在建项目的转让方式、转让价格、转让时间等关键条款。
- 权利义务承继：协议应明确合并后公司对在建项目的权利义务承继情况，包括但不限于合同履行、质量保证、售后服务等。
- 违约责任：协议应规定各方在违反项目转让条款时的违约责任和赔偿方式。
三、法律合规与审批
法律合规：
- 合并过程中需遵守相关法律法规，如《公司法》、《合同法》等。
- 在建项目的转让需符合相关行业规定和审批要求，如建筑行业的施工许可证等。
审批手续：
- 根据项目性质和规模，可能需要办理项目转让的审批手续，如向相关部门提交项目转让申请、提供项目资料等。
- 合并后公司需确保项目符合新的规划、环保等要求，并办理相应的变更手续。
四、实际操作建议
尽职调查：
- 在合并前，对被合并公司的在建项目进行全面的尽职调查，包括项目进度、质量、成本、合同履行情况等。
- 评估项目可能存在的风险和问题，并制定相应的应对措施。
合同审查与修改：
- 审查在建项目的相关合同，确保合同条款明确、合法、有效。
- 根据合并情况，对合同进行必要的修改和补充，以明确合并后公司的权利和义务。
沟通与协调：
- 与项目相关方（如施工单位、供应商等）进行充分沟通，确保他们了解合并情况并继续履行合同。
- 协调各方利益，解决可能出现的纠纷和问题。
若您在处理被合并公司有在建项目的情况时遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。