当使用划拨土地的公司被合并后，划拨土地的处理方式主要遵循《中华人民共和国公司法》的相关规定，并结合土地管理的相关法律法规。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据

根据《中华人民共和国公司法》第一百七十三条和第一百七十四条：

• 第一百七十三条：公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。

• 第一百七十四条：公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。

二、划拨土地的处理原则

1. 土地使用权继承：

   • 划拨土地使用权作为企业财产的一部分，在公司合并后，应由合并后的企业继承。这意味着合并后的企业将继续享有和使用该划拨土地，但需遵守相关法律法规和划拨土地的使用规定。

2. 土地使用权变更登记：

   • 合并后的企业应及时到土地管理部门办理土地使用权变更登记手续，将土地使用权人变更为合并后的企业名称。这是确保土地使用权合法、有效转移的重要步骤。

3. 遵守划拨土地使用规定：

   • 划拨土地通常用于特定目的（如公益事业、基础设施建设等），合并后的企业应继续遵守划拨土地的使用规定，不得擅自改变土地用途或进行非法转让、出租等行为。

三、具体操作步骤

1. 签订合并协议：

   • 合并各方应签订详细的合并协议，明确合并后的企业名称、股权结构、债权债务处理方式等关键条款。

2. 编制资产负债表及财产清单：

   • 合并各方应编制资产负债表及财产清单，包括划拨土地在内的所有资产和负债情况。

3. 通知债权人并公告：

   • 合并各方应按照公司法规定的时间和方式通知债权人，并在报纸上公告合并事宜。

4. 办理土地使用权变更登记：

   • 合并后的企业应及时到土地管理部门办理土地使用权变更登记手续，提交相关证明文件和资料。

5. 遵守后续管理规定：

   • 合并后的企业应继续遵守划拨土地的使用规定和管理要求，确保土地的合法、有效使用。

四、注意事项

• 合规性审查：在合并过程中，应对划拨土地的使用情况进行合规性审查，确保不存在违法违规行为。
• 风险防控：合并后的企业应建立健全风险防控机制，对可能出现的土地纠纷、法律风险等问题进行及时预警和处理。
• 政策咨询：在处理划拨土地合并事宜时，建议咨询当地土地管理部门或专业律师，以确保操作符合相关法律法规和政策要求。

综上所述，当使用划拨土地的公司被合并后，划拨土地应由合并后的企业继承，并办理相应的土地使用权变更登记手续。同时，合并后的企业应继续遵守划拨土地的使用规定和管理要求。