针对您提出的“刻章店已经备案假公章怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律和社会治安的严肃话题。根据《印铸刻字业暂行管理规则》及相关法律法规，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，刻章店备案假公章是严重的违法行为，这不仅违反了行业管理规定，更可能触犯刑法，构成伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪等。因此，一旦发现此类情况，必须立即采取措施。

处理步骤如下：

1. 立即停止违法行为： 刻章店一旦发现备案了假公章，应立即停止所有与假公章相关的刻制和备案行为，防止事态进一步恶化。

2. 主动向公安机关报告： 根据《印铸刻字业暂行管理规则》第五条第三款的规定，遇有伪造或仿造各机关之文件、私自定制各机关之钢印等情形，须迅速报告当地人民公安机关。因此，刻章店应主动向所在地县级人民政府公安机关报告此事，说明情况，并配合公安机关的调查。

3. 配合公安机关调查： 在报告后，刻章店应积极配合公安机关的调查工作，提供必要的证据和信息，如假公章的样本、刻制记录、备案材料等，以便公安机关能够迅速查明事实，依法处理。

4. 接受法律处罚： 如果刻章店的行为确实构成了违法行为，那么它将面临法律的处罚。根据违法情节的轻重，处罚可能包括警告、罚款、停业整顿、吊销营业执照等。刻章店应接受处罚，并积极采取措施进行整改，以避免类似情况再次发生。

5. 加强内部管理： 为了避免类似情况的发生，刻章店应加强内部管理，建立健全的核验制度，确保所有刻制的公章都是合法、真实的。同时，还应加强对员工的培训和教育，提高他们的法律意识和职业道德水平。

额外建议：

• 刻章店在日常经营中应严格遵守相关法律法规和行业管理规定，确保所有业务的合法性和真实性。
• 如果发现任何可疑的刻制或备案请求，应立即拒绝并报告给公安机关。
• 定期对内部管理制度进行审查和更新，以适应法律法规的变化和行业发展的需求。

总之，刻章店备案假公章是严重的违法行为，必须立即采取措施进行处理。通过主动报告、配合调查、接受处罚和加强内部管理等方式，刻章店可以尽可能地减轻违法后果，并避免类似情况再次发生。