在对方主责、您方次责的情况下，关于对方进行代为追偿以及您方保险公司如何处理您两千元交强险赔偿的问题，我们可以这样详细分析：

首先，要明确的是，在交通事故中，如果对方是主要责任方，而您是次要责任方，那么赔偿的流程通常是这样的：

1. 对方交强险的赔偿：

   • 对方的交强险会在其责任限额内对您的损失进行赔偿。这包括财产损失赔偿限额、医疗费用赔偿限额和死亡伤残赔偿限额。
   • 如果您的损失（比如车辆维修费用、医疗费用等）在对方交强险的各分项限额内，那么这部分损失将由对方的交强险全额赔偿。

2. 超出交强险部分的赔偿：

   • 如果您的损失超出了对方交强险的赔偿限额，那么超出的部分将按照双方的责任比例进行分担。
   • 通常，对方作为主要责任方，可能承担70%-90%的赔偿责任；而您作为次要责任方，则承担10%-30%的赔偿责任。
   • 这部分超出交强险的损失，如果双方都有商业险，那么将由各自的商业险在相应责任比例内进行赔偿。

3. 关于您两千元交强险的赔偿：

   • 您提到的“两千交强险”可能是指您自己车辆交强险中财产损失赔偿限额的一部分（通常交强险财产损失赔偿限额为2000元）。但在这个场景下，这个限额更多是用于赔偿您给第三方造成的财产损失，而不是您自己的损失。
   • 如果您自己的车辆或人员有损失，并且这些损失在对方交强险的赔偿限额内，那么应该由对方的交强险来赔偿。
   • 如果您自己的保险公司已经为您支付了某些费用（比如您提到的两千元，但这在常规交强险赔偿中并不常见，可能是其他类型的保险赔偿或预付），并且对方进行了代为追偿，那么这通常意味着对方保险公司认为您方保险公司或您个人应该承担部分责任，并已经先行垫付了赔偿，随后会向您或您方保险公司追偿。

4. 代为追偿的影响：

   • 如果对方进行了代为追偿，那么您方保险公司可能会根据保险合同和责任比例，与您协商如何分担这部分追偿金额。
   • 如果您有商业险，并且商业险中包含了相应的赔偿责任，那么您方保险公司可能会在商业险的限额内承担这部分追偿金额。
   • 如果您没有商业险或商业险不足以覆盖追偿金额，那么您可能需要自行承担部分或全部追偿金额。

总结与建议：

• 在对方主责、您方次责的情况下，首先由对方的交强险在责任限额内进行赔偿。
• 超出交强险部分的损失，按照双方责任比例由各自的商业险（如有）进行赔偿。
• 关于您提到的两千元交强险赔偿，需要明确这是否属于您自己交强险对第三方的赔偿（通常不是），还是其他类型的保险赔偿。如果是其他类型的保险赔偿，并且对方进行了代为追偿，那么您需要与您方保险公司协商如何分担追偿金额。
• 建议您仔细阅读保险合同条款，了解保险赔偿的范围和限制，并在必要时咨询专业律师或保险顾问的意见。