甲方可以起诉撤销不动产登记，但需满足一定条件。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律背景与依据
根据《民法典》及相关不动产登记法规，不动产登记具有公示公信效力，但若登记存在错误，如因登记机构错误登记、当事人提供虚假材料或存在欺诈、胁迫等情形导致登记内容与真实权利状态不符，真实权利人有权请求更正登记或撤销错误登记。
二、甲方起诉撤销登记的条件
登记错误的存在：
- 甲方需证明不动产登记机构将甲方土地使用权证中的部分土地错误登记在乙方名下，即登记内容与真实权利状态不一致。
- 这可能涉及土地权属来源、边界划分、面积计算等方面的错误。
甲方是真实权利人：
- 甲方需提供充分证据证明其对争议土地享有合法权利，如土地使用权证、土地出让合同、征地协议等。
- 若甲方无法证明其权利，则难以主张撤销登记。
不存在善意取得等抗辩事由：
- 若乙方通过合法途径（如购买、继承等）取得土地使用权，且不知登记错误，可能构成善意取得，此时甲方难以撤销登记。
- 甲方需证明乙方存在恶意或明知登记错误而仍接受登记的情形。
三、可能的法律后果与建议
更正登记：
- 若登记错误明显，且乙方同意更正，双方可共同向不动产登记机构申请更正登记。
- 这是一种较为简便、高效的解决方式。
行政诉讼：
- 若不动产登记机构拒绝更正登记，或乙方不同意更正，甲方可向人民法院提起行政诉讼，请求撤销错误登记。
- 诉讼过程中，甲方需承担举证责任，证明登记错误的存在及其权利受损的事实。
民事诉讼：
- 若登记错误涉及乙方侵权（如欺诈、胁迫等），甲方也可选择提起民事诉讼，要求乙方承担侵权责任，并请求法院确认甲方对争议土地的权利。
- 这种情况下，甲方需证明乙方的侵权行为及其与登记错误之间的因果关系。
四、实际操作建议
收集证据：
- 甲方应尽快收集与争议土地相关的所有证据，包括土地使用权证、土地出让合同、征地协议、土地测量报告等。
- 同时，收集证明登记错误的证据，如土地权属来源文件、边界划分图等。
咨询专业律师：
- 鉴于不动产登记纠纷的复杂性，甲方应咨询专业律师，了解具体法律程序和诉讼策略。
- 律师可协助甲方制定诉讼方案，准备诉讼材料，并代表甲方参与诉讼过程。
保持冷静与理性：
- 在处理此类纠纷时，甲方应保持冷静与理性，避免情绪化行为影响纠纷解决。
- 同时，积极与乙方沟通协商，寻求和解或调解的可能性。
如有具体法律问题或需要进一步帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。