赔偿协议只有证人没有书面合同，在法律上可能存在一定的风险，但并非绝对无效，其有效性需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 书面合同的重要性

在法律上，书面合同是证明双方权利义务关系的重要证据。它能够清晰地记录双方达成的协议内容，包括赔偿金额、支付方式、违约责任等关键条款。一旦发生纠纷，书面合同可以作为直接证据，有助于法院或仲裁机构快速、准确地查明事实，作出公正裁决。

2. 仅有证人的情况

• 证人证言的效力：证人证言是民事诉讼中的一种证据形式，但其证明力相对较弱。证人可能因记忆模糊、主观偏见或利益关系等因素，导致证言的真实性受到质疑。此外，如果证人无法出庭作证或证言存在矛盾，其证明力将进一步降低。
• 缺乏书面证据的风险：在没有书面合同的情况下，仅凭证人证言来证明赔偿协议的存在和内容，将面临较大的举证困难。如果对方否认协议的存在或提出相反的证据，原告方可能因无法提供充分证据而承担败诉的风险。

3. 可能的有效性情形

• 双方承认协议：如果双方当事人在诉讼或仲裁过程中均承认赔偿协议的存在和内容，即使没有书面合同，法院或仲裁机构也可能根据双方的陈述和证人证言来认定协议的有效性。
• 其他证据佐证：除了证人证言外，如果还有其他证据能够佐证赔偿协议的存在和内容，如转账记录、聊天记录、邮件往来等，这些证据可以与证人证言相互印证，提高协议的有效性的证明力。

4. 法律建议

• 尽量签订书面合同：为了避免纠纷和举证困难，建议在达成赔偿协议时尽量签订书面合同。书面合同可以明确双方的权利义务关系，减少因口头协议而产生的争议。
• 保留相关证据：如果确实无法签订书面合同，建议保留与赔偿协议相关的其他证据，如转账记录、聊天记录、邮件往来等。这些证据可以在发生纠纷时作为辅助证据使用。
• 咨询专业律师：如果涉及复杂的赔偿协议或存在较大的法律风险，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和帮助，确保你的权益得到保障。

案例说明：假设甲和乙因交通事故达成赔偿协议，但未签订书面合同。后来乙反悔并拒绝赔偿。甲只有一位目击证人可以证明双方曾达成赔偿协议。在这种情况下，甲如果仅凭证人证言起诉乙要求赔偿，可能因证据不足而面临败诉的风险。但如果甲还能提供其他证据，如与乙的聊天记录中乙承认赔偿的事实，或者甲向乙转账部分赔偿款的记录等，这些证据可以与证人证言相互印证，提高甲胜诉的可能性。

综上所述，赔偿协议只有证人没有书面合同在法律上可能存在一定的风险。为了确保你的权益得到保障，建议尽量签订书面合同并保留相关证据。如果遇到法律问题，可以直接向我咨询。